❶ 對紅細胞灰度圖像中的細胞進行計數統計,會用到哪些數字圖像處理技術
這個我可以回答你,需要一個matlab軟體就ok。用到二值化,濾波,開運算閉運算等處理,最有有一個判定演算法。
❷ imagej細胞計數步驟
自動細胞計數
-壹-
導入圖像
打開想要處理的圖像,這里我們以一張DAPI免疫熒光染色的照片為例進行說明。如下圖。
點擊File>Open>打開准備好的圖像,也可將圖片直接拖動到菜單欄,即可打開。如下圖。
-貳-
將圖像轉為8-bit
首先需要將圖片轉為黑白灰的圖像,方便後續識別細胞。
點擊Image>Type>8-bit,此時圖片即已被去色。
-叄-
調整閾值,去除背景,選中細胞
①點擊Image>Adjust>Threshold對閾值進行調整,主要是為了選擇細胞區域;
②因為利刃君這里選擇的是B&W(Black and White),所以圖像中黑色的區域就是已經選中的區域,這里可以進行更改,如若改為red,則紅色區域為選中的區域;
③另外我們發現Threshold窗口中有兩個調節框,我們可以通過左右拖動調節框中的滑塊對選擇的區域進行調整。原則是盡可能的包含所有的細胞同時去除背景中的雜質。
④拖動完成後點擊Apply,這樣閾值就設置好了。
-肆-
填補細胞核的空隙
在調節閾值減少背景的同時,可能細胞的一些不均勻部分也被減弱了,這時就需要進行空隙填補,使得細胞變成實心球形來使自動細胞計數的結果更加可靠。
點擊Process>Binary>Fill Holes即可,如果沒有出現細胞有空隙的情況,則這一步就不需要進行。
-伍-
打斷細胞核的重疊部分
細胞密度比較大時,通常會有細胞重疊或者貼近的情況。就會導致軟體識別時將兩個粘連在一起的細胞識別為一個,這時我們就需要利用Watershed自動識別重疊部分,隨後再將兩個細胞分離開來。
點擊Process>Binary>Watershed,此時可以看到粘連在一起的細胞已經被分開。
-陸-
自動分析、計數顆粒
點擊Analyze>Analyze Particles,出現Analyze Particles界面,根據處理圖像的不同,設置不同的參數。
Size:0.05-Infinity——指分析顆粒尺寸大於0.05(一定注意這里的單位是inch),一直到無窮大的顆粒。(根據細胞大小,以及結果好壞來更改)一般可以通過選框工具選擇最小的細胞,點擊Analyze>Measure來看一下其大小,如我們這里顯示Area為104,我們就可以設置Size大小為90-Infinity。
Circularity:0.00-1.00——指圓度,可以根據細胞形狀,調整需要的圓度,1.00為標准圓,一般情況下只根據Size進行限制就可以了。
Show:Overlay——指原本圖片上會展示出分析結果的外框。
Exclude on edges——處於邊緣的顆粒不計入。
設置完成後,點擊OK,即出現以下結果,Results窗口中顯示了統計出的細胞的數目,並且顯示了每個細胞的面積,一共為162個細胞。
❸ 能否用PS對照片中的菌落數進行計數
不能,畢竟不同細菌生長狀態不一樣,PS沒有合適的圖形分辨能力,也無法統計規定的平板或其它一定面積下的菌落總數。
有條件請用專業設備自動掃描後自動計數。沒條件只能用標准平板截取後數了。最多掃描後在PS里放大方便肉眼識別計數。
計數和報告
1.操作方法:培養到時間後,計數每個平板上的菌落數。可用肉眼觀察,必要時用放大鏡檢查,以防遺漏。在記下各平板的菌落總數後,求出同稀釋度的各平板平均菌落數,計算處原始樣品中每克(或每ml)中的菌落數,進行報告。
2.到達規定培養時間,應立即計數。如果不能立即計數,應將平板放置於0-4℃,但不得超過24h。
3.計數時應選取菌落數在30~300之間的平板(SN標准要求為25~250個菌落),若有二個稀釋度均在30~300之間時,按國家標准方法要求應以二者比值決定,比值小於或等於2取平均數,比值大於2則其較小數字(有的規定不考慮其比值大小,均以平均數報告)。
4.若所有稀釋度均不在計數區間。如均大於300,則取最高稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如均小於30,則以最低稀釋度的平均菌落數乘稀釋倍數報告之。如菌落數有的大於300,有的又小於30,但均不在30~300之間,則應以最接近300或30的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如所有稀釋度均無菌落生長,則應按小於1乘以最低稀釋倍數報告之。有的規定對上述幾種情況計算出的菌落數按估算值報告。
5.不同稀釋度的菌落數應與稀釋倍數成反比(同一稀釋度的二個平板的菌落數應基本接近),即稀釋倍數愈高菌落數愈少,稀釋倍數愈低菌落數愈多。如出現逆反現象,則應視為檢驗中的差錯(有的食品有時可能出現逆反現象,如酸性飲料等),不應作為檢樣計數報告的依據。
6.當平板上有鏈狀菌落生長時,如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限,則應作為一個菌落計,如存在有幾條不同來源的鏈,則每條鏈均應按一個菌落計算,不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數。如有片狀菌落生長,該平板一般不宜採用,如片狀菌落不到平板一半,而另一半又分布均勻,則可以半個平板的菌落數乘2代表全平板的菌落數。
7.當計數平板內的菌落數過多(即所有稀釋度均大於300時),但分布很均勻,可取平板的一半或1/4計數。再乘以相應稀釋倍數作為該平板的菌落數。
8.菌落數的報告,按國家標准方法規定菌落數在1~100時,按實有數字報告,如大於100時,則報告前面兩位有效數字,第三位數按四捨五入計算。固體檢樣以克(g)為單位報告,液體檢樣以毫升(ml)為單位報告,表面塗擦則以平方厘米(cm)報告。
❹ 如何計數TUNEL切片上的總細胞數
你是計算凋亡細胞總數還是所有腫瘤細胞總數?還是你的檢測方法 熒光顯微鏡檢測還是流式細胞儀?檢測的是HE切片上 還是細胞爬片 還是細胞懸浮液?
細胞懸浮液通常用流式,其他的都可直接鏡檢。
按理論講,顯微鏡數熒光點就是你所需要的凋亡細胞數了,但細胞總數的話可以再熒光淬滅後做HE染色,然後利用計算灰度的方法讓軟體自動讀數。
流式細胞儀可以自動讀數並統計。
❺ 如何對顯微圖片中的細胞進行計數,
可以利用顯微成像後將其保存,最後利用ImangeJ進行分析,但是密度大時其分析誤差比較大,最好所成像中無細胞重疊或接觸(其實這個技術就是因為達到上述要求後人工計算相對耗時更短而成為了雞肋技術,畢竟成像後還得後期處理和會使用並能熟練其開放平台)綜上,該技術可以使用在大批量多次數的實驗中,要自我設置較好的濃度梯度並每次有張好的成像圖。最大的缺點就是無論你是否熟練掌握該軟體及其開放平台,它都沒能遵循我們血球計數板的計數原則。望採納!如果有什麼問題可以E我,[email protected]
❻ 細胞電子照片,細胞如何計數
用Image-Pro plus或者Image-J,網上教程一堆,都是基於圖像分析技術,根據灰度得到的
❼ 怎樣用imagej軟體計數
這個問題不精確,計數可以簡單理解為對細胞或者陽性的范圍進行計數。這個是imagej使用非常基本和簡單的操作,簡言之,就是先通過閾值選定細胞或者待分析區,再進行相關參數的計算。
❽ 用什麼軟體可以在圖片中計數
我有一個方法是用PS的,不知道對你有沒有幫助。你可以先用曲線把深顏色的突出一下。希望對你有幫助。
❾ 有什麼軟體能夠幫助數清楚細胞培養皿中的細胞數量
要進行細胞計數~~用胰酶消化細胞懸浮1ml培養基吸取5微升至1ml離管加入45微升提前配含台盼藍pbs吹打均勻用20微升槍吸10微升至細胞計數板顯微鏡計數計數乘10細胞數1ml細胞培養皿細胞計算10000細胞需要少體積計算加入12孔板~~要清楚問~