㈠ 在ms中怎麼設置磁性體系的參數，比如Fe
列方程就可以了，假定需要X噸磁鐵礦，按照質量守恆定理，冶煉前後，鐵元素的質量相等。 X*80%*(56*3)/(56*3+16*4)=500*0.96 X=828.57噸 所以，需要該型磁鐵礦約828.57噸。 計算式裡面，56*3/(56*3+16*4)就是指純磁鐵礦中
㈡ MS軟體中 金屬離子在吸附劑表面的定位原則是什麼
edsx
㈢ 怎麼把ms設置為默認
MS(MicrosoftOffice)是一個軟體系列，由多個組件組成，需設置各程序為默認程序。操作如下：
1、點擊開始，點擊默認程序；2、點擊設置默認程序；3、找到Microsoftoutlook，點擊將此程序設置為默認值，點擊確定即可.
MicrosoftOffice是微軟公司開發的一套基於Windows操作系統的辦公軟體套裝。常用組件有Word、Excel、PowerPoint等。最新版本為Office365(Office2019)。
㈣ MS軟體摻雜元素的非自旋極化怎麼設置
這個的軟體摻雜元素的非自旋極化，想要設置的話得用一些相關的一些工具和一些其他的方法。才能進行設置。
㈤ MS進行吸附計算時可以加入溫度嗎
有限溫度的電子結構可以考慮修改fix occupy當中的smearing的值來近似處理，當中的smearing width=kT，其中k為Boltzmann常量，你可以適當換算到特定的溫度，相當於給電子加上了溫度。這個在castep的help中有討論，你可以找找。計算得到的能量就會有三個，一個是能量，一個是自由能，另外一個就是外推、內插得到的0K的能量。
㈥ 在ms中，怎麼把直線分子吸附在基底上
直線行分子首先要分子要有對稱性。
如二氧化碳，乙炔等。
但是二氧化硫就不是直線型分子，由於它有一對孤對電子的排斥作用，使本來的對稱的分子鍵彎曲，而成V型分子，即跟水一樣的分子構型，他們都是因為孤對電子的排斥而造成的
㈦ ms 模擬吸附 怎麼確定可以有多少分子吸附在表面
在MS的help有關於用MS模擬氣體分子在聚合物中的擴散的例子。大概過程如下：首先構建聚合物鏈，對其進行結構優化，之後構建氣體分子結構，同樣進行優化；然後用amorphouscell模塊構建包含一定數目氣體分子和聚合物鏈的周期性盒子；對周期性盒子
㈧ 新版ms的discover模塊中non-bond在哪
Discover模塊(1)原子立場的分配：在使用 Discover 模塊建立基於力場的計算中，涉及幾個步驟。主要有：選 擇力場、指定原子類型、計算或指定電荷、選擇 non-bond cutoffs。 在這些步驟中，指定原子類型和計算電荷一般是自動執行的。然而，在某些 情形下需要手動指定原子類型。 原子定型使用預定義的規則對結構中的每個原子 指定原子類型。在為特定的系統確定能量和力時， 定型原子使工作者能使用正確的力場參數。通常，原子定型由 Discover 使用定型引擎的基本規則來自動執行，所以不需要手動原子定型。然而，在特殊情形下，人們不得不手動定型原子，以確保它們被正確地設置。調出選擇原子窗口; 選擇原子窗口; 計算並顯示原子類型；編輯集合；設定新集合；給原子添加立場。點擊 Edit→Atom Selection；彈出對話 框，從右邊的的元素周期表中選擇 元素(例如Fe)，再點 Select，此時所建 晶胞中所有 Fe 原子都將被選中，原子被紅色線圈住即表示原子被選中。再編輯 集合，點擊 Edit→Edit Sets，彈出對話框，點擊New，給原子集合設定一個名字，這里設置為Fe，則3D視圖中會顯示「Fe」字樣。再分配力場：在工具欄上點擊discover按鈕，從下拉列表中選擇set up，顯示discover set up對話框，選擇Typing選項卡，在 Forcefield types 里選擇相應原子力場，再點 Assign(分配)按鈕進行原子 力 場 分 配 。 注 意 原 子 力 場 中 的 價 態 要 與 Properties Project 里 的 原 子 價 態(Formal charge）一致。(2)體系立場的選擇點擊 Energy 選項卡， 力場下拉菜單，進行力場選擇。力場的選擇： 力場是經典模擬計算的核心， 因為它代表著結構中每種類型的原子與圍繞著它的原子是如何相互作用的。對系統中的每個原子，力場類型都被指定了，它描述了原子的局部環境。力場包括描述屬性的不同的信息， 如平衡鍵長度和力場類 型對之間的電子相互作用。常見力場有 COMPASS、CVFF 和 PCFF。 Select 下拉菜單中有三個選項： ①COMPASS 力場：COMPASS 力場是第一個把以往分別處理的有機分子體系的力場與無機分子體系的力場統一的分子力場。 COMPASS 力場能夠模擬小分子與高分子，一些金屬離子、金屬氧化物與金屬。在處理有機與無機體系時，採用分類別處理的方式，不同的體系採用不同的模型，即使對於兩類體系的混合，仍然能夠採用合理的模型描述。一般採用此力場。 ②CVFF 力場： CVFF 力場全名為一致性價力場(consistent valence force field), 最初以生化分子為主，適應於計算氨基酸、水及含各種官能團的分子體系。其後，經過不斷的強化CVFF 力場可適用於計算多肽、蛋白質與大量的有機分子。此 力場以計算系統的結構與結合能最為准確，亦可提供合理的構型能與振動頻率。 ③PCFF 力場：PCFF 為一致性力場，增加一些金屬元素的力參數，可以模擬含有相應原子的分子體系， 其參數的確定除大量的實驗數據外，還需要大量的 量子力學計算結果。
(3)非鍵的設置打開 Non-bond 選項卡，非鍵選項卡。非鍵作用力包括范德華力和庫倫力。這里將兩者都選上，為的是後期做 minimize 優化原子位置時精確度更高，因為考慮的作用力因素多，即兩者都考慮了。Summation method(模擬方法) ： ①Atom Based：atom based 基於原子的總量，包括一個原子的截斷距離，一 個原子的緩沖寬度距離； 為直接計演算法， 即直接計算原子對之間的非鍵相互作用，當原子對超出一定距離（截斷半徑 cutoff distance）時，即認為原子對之間相互 作用為零（註：cutoff distance 指范德華作用力和庫侖力的范圍，比如：設 定截斷半徑為 5，則表示已分子或原子中心為圓心，以 5 為半徑作圓，半徑以外 的作用力都不考慮）。此方法計算量較小，但是可能導致能量和其導數的不連續性。當原子對間距離在 Cutoff 半徑附近變化時， 由於前一步考慮了原子對之間的相互作用， 而後一步不考慮， 由此會導致能量發生跳躍。 當然，對於較小的體系， 則可以設置足夠大的 Cutoff 半徑來保證所有的相互作用都被考慮進來。②Group Based：group based 基於電子群的，總量中包括一個原子的截斷距離，一個原子的緩沖寬度距離；大多數的分子力場都包括了每個原子之間點電荷 的庫侖相互作用。甚至在電中性的物種中也存在點電荷，例如水分子。點電荷實 際上反映了分子中不同原子的電負性。在模擬中，點電荷一般是通過電荷平衡法 (charge equilibrium)評價或者力場定義的電荷來分配的。當評價點電荷時，一 定要小心不要在使用 Cutoff 技術時引入錯誤的單極項。 要了解到這一點，可以參 看如下事實：兩個單極，當只有 1e.u.電荷時，在 10A 的位置上其相互作用大約 為 33Kcal；而對於由單位單極分離 1A 所形成的兩個偶極，相同距離其相互作用 能不超過 0.3Kcal/mol。很明顯，忽略單極-單極相互作用會導致錯誤的結果，而忽略偶極-偶極相互 作用則是適度的近似。然而，如果單極相互作用處理不清的話，仍然會出問題。 當 non-bond Cutoff 使用基於原子-原子基組時，就可能發生，會有人為將偶極劈裂 為兩個「假」的單極(當一個偶極原子在 Cutoff 內，另一個在其外)。這就不是忽 略了相對較小的偶極-偶極相互作用，而是人為引入了作用較大的單極-單極相互 作用。為了避免這種人為現象，Materials Studio 引入了在 Charge Groups 之上的 Cutoff。 一個「Charge Group」是一個小的原子基團，其原子彼此接近，凈電荷為 0 或 者接近於 0。 在實際應用中， Charge Group 一般是常見的化學官能團，例如羰基、甲基或者羧酸基團的凈電荷接近於中性 Charge Group。Charge Group 之間的距離 為一個官能團中心到另一個官能團中心的距離 R，Cutoff 設置與 Atom Based 相 類似。③Ewald Summation：Ewald 是在周期性系統內計算 Non-bond 的一種技術。Ewald 是計算長程靜電相互作用能的一種演算法。Ewald 加和方法比較合適於結晶固體。原因在於無限的晶格內，Cutoff 方法會產生較大的誤差。然而，此方法放也可以用於無定形固體和溶液體系。Ewald 計算量較大，體系較大時，會佔用較多的內存並花費較長的時間。 ④cell multiple cell based：只能用於基於指定數量層。 一般情況下，基於 Atom 適合於孤立體系，對於周期性體系計算量較小，但 是准確性較差；基於 Group 適合於周期性和非周期性體系，計算的准確性好一些，計算量最小；Ewald 適合於周期性能體系，計算最為准確，但計算量最大。
(4)結構優化在工具欄上點擊 Discover 按鈕，然後選擇 Minimizer。或者從菜單欄選擇 Moles | Discover | Minimizer。顯示 Discover Minimizer 對話框，可以進行幾何結構優化計算。優化前(Minimizer) ，先查看所有原子是否都已分配力場，如果沒有，可以手動添加，在 Properties Explorer 中雙擊 Forcefield type，然後修改力場類型即可。其次在Minimizer 之前，需要把晶體結構所有原子重新固定。 Minimizer 只是對結構進行優化，以達到能量最小化。在作動力學(dynamics )之前最好執行 minimizer， 因為如果不執行 minimizer， 則計算收斂時間會比較長，能量波動會比較大，而且計算有可能出錯。優化方法 Method：最陡下降法（Steepest Descent） 、共軛梯度法（Conjugate Gradient） 、牛頓方法（Newton）和綜合法(Smart Minimizer) 。 Convergence level：收斂精度水平。 Maximum iteration：最大迭代數。 Optimize cell 選中的話表示優化晶胞參數和原子位置。MS Discover 結構優化原理分子的勢能一般為鍵合（鍵長、鍵角、二面角、扭轉角等）和非鍵合相互作 用(靜電作用、 范德華作用等) 能量項的加和，總勢能是各類勢能之和， 如下式： 總勢能 = 范德華非鍵結勢能 + 鍵伸縮勢能 + 鍵角彎曲勢能 + 雙面角扭 曲勢能 + 離平面振動勢能 + 庫倫靜電勢能 + ... 除了一些簡單的分子以外， 大多數的勢能是分子中一些復雜形勢的勢能的組合。勢能為分子中原子坐標的函數，由原子不同的坐標所得到的勢能構成勢能面 (Potential Energy Surface，PES)。勢能越低，構象越穩定，在系統中出現的機 率越大；反之，勢能越高，構象越不穩定，在系統中出現的機率越小。通常勢能面可得到許多極小值的位置，其中對應於最低能量的點稱為全局最小值（Global Energy Minimum），相當於分子最穩定的構象。由勢能面求最低極小值的過程 稱為能量最小化（Energy Minimum），其所對應的結構為最優化結構（Optimized Structure），能量最小化過程，亦是結構優化的過程。 通過最小化演算法進行結構優化時，應避免陷入局部最小值 (local minimum) ，也就是避免僅得到某一構象附近的相對穩定的構象，而力求得到全局最小值，即實現全局優化。分子力學的最小化演算法能較快進行能量優化，但它的局限性在於易陷入局部勢阱，求得的往往是局部最小值，而要尋求全局最小值只能採用系統搜尋法或分子動力學法。在 Materials Studio 的 Discover 模塊中，能量最小化算 法有以下四種： ①最陡下降法（Steepest Descent），為一經典的方法，通過迭代求導，對多 變數的非線性目標函數極小化， 按能量梯度相反的方向對坐標添加位移， 即能量 函數的負梯度方向是目標函數最陡下降的方向，所以稱為最陡下降法。此法計算 簡單，速度快，但在極小值附近收斂性不夠好，造成移動方向正交。最陡下降法 適用於優化的最初階段。②共軛梯度法（Conjugate Gradient），在求導時，目標函數下降方向不是僅 選取最陡下降法所採用的能量函數的負梯度方向，而是選取兩個共軛梯度方向， 即前次迭代時的能量函數負梯度方向與當前迭代時的能量函數負梯度方向的線 性組合。此法收斂性較好，但對分子起始結構要求較高，因此常與最陡下降法聯 合使用，先用最陡下降法優化，再用共軛梯度法優化至收斂。 ③牛頓方法（Newton），以二階導數方法求得極小值。此法的收斂很迅速， 也常與最陡下降法聯合使用。 ④綜合法（Smart Minimizer），該方法可以混合最陡下降法，共軛梯度法和 牛頓法進行結構優化，在 MS 中是可選擇的。Smart Minimizer 中，牛頓法可以設 定最大的原子數， 如果體系的原子數大於所設定的值， 則計算是會自動地轉為前 面設定的收斂法（共軛梯度法或最陡下降法），收斂精度會改為共軛梯度法的默 認收斂精度值。 點開各種方法後面的 More，可設定收斂精度(Convergence)，演算法(Algorithm)和一維搜索(Line search，指每一次迭代中的精度)等。
當 Job 結束後，結果被返回到 Disco Min 目錄，最小化的結構被命名為 3D Atomistic.xsd，並被保存在 「3D Atomistic Disco Min」目錄。 還生成一個名為 「3D Atomistic.out」的文本文檔，它包含了有關計算的所有能量信息。同時還生成 「Simulation Energies.xcd」 它顯示了能量隨迭代次數的變化情況，由於優化是使結構更加穩定，所以能量也隨之降低，最終趨於某一值。結構優化後，原子會有所重排，使結構更加穩定。(5)高溫弛豫打開 discover 下的 Dynamics，Ensemble（系綜） NVE、NVT、NPT、NPH。 ： Temperature：目標溫度。 Pressure：給系統所施加的壓力。 Number of steps：整個動力學所運行的總步數。 Time step：每一動力學步驟所花費的時間（單步長時間） 。 Dynamics time：Number of steps ×Time step（總模擬時間） 。 Trajectory Save：Coordinates 表示保存坐標；Final Structure表示只保存最終結構；Full 表示保存所有。 Frame output every： 若輸入 5000， 則表示每 5000 步輸出一幀(即晶體結構) 。運行結束後，可以通過調用 Animation 觀看三維動畫。動畫工具條可以控制三維窗口中動畫文件的顯示，它包含以下命令： Play Backwards：倒映動畫文件。 Step Backwards：每次向後放一幀。 Stop：停止放映。 Step Forwards：每次一幀加速放映。 Play：放映動畫。 Pause：暫停放映，再按一次後繼續放映。 Animation Mode：顯示動畫模式下拉菜單。系綜簡介系綜(ensemble)是指具有相同條件系統(system)的集合。平衡態的分子動力學模擬，總是在一定的系綜下進行。系綜是統計力學中非常重要的概念，系統的一切統計特性基本都是以系綜為起點推導得到的。實際應用時，要注意選擇適當的系綜，如（N，T，P） 常用於研究材質的相變化等。①NVE(微正則系綜)在微正則系綜（micrononical ensemble）中，模型體系的粒子數 N、體積 V 及內能（熱力學能）E（在熱力學通常用 U 表示內能）保持不變,是一個孤立、保守的系統。值得注意的是：體系總能量，即勢能和動能的總和，是保持守恆的，常被用來判斷積分的精度固定不變。它對應於絕熱過程，即體系與環境沒有熱交換，不存在溫度 T 和壓力 p 的控制因素。由於體系的能量 E 是守恆的，體系的 動能和勢能之間互轉化。一般說，給定能量的精確初始條件是無法得到的。能量的調整通過對速度的標度進行，這種標度可能使系統失去平衡， 迭代弛豫達到平衡。②NVT 系綜(正則系綜) 正則系綜(canonical ensemble)中，體系的粒子數 N、體積 V 及溫度 T 保 持不變，且總動量保持不變。因此正則系綜動力學有時也被稱為恆溫動力學。為了控制體系的溫度，就需要設置一個「虛擬」的熱浴環境,與體系進行能量交換。常用的熱浴 (bath) 包括： Nose-Hoover， Berendsen， Andersen 以及 「velocity scaling （速度標定） 」方法等。
系綜控溫機制。系綜的控溫：溫度調控機制可以使系統的溫度維持在給定值，也可以根據外界環境的溫度使系統溫度發生漲落。 一個合理的溫控機制能夠產生正確的統計系 綜，即調溫後各粒子位形發生的概率可以滿足統計力學法則。系綜控溫機制主要有：Velocity Scale、Nose、Berendsen。Thermostat 下拉菜單有四個： ①Velocity Scale（直接速度標定法）：系統溫度和粒子的速度直接相關，可以通過調整粒子的速度使系統溫度維持在目標值。 實際分子動力學模擬中，並不需要對每一步的速度都進行標定，而是每隔一定的積分步，對速度進行周期性的標定，從而使系統溫度在目標值附近小幅波動。 直接速度標定法的優點是原理簡 單，易於程序編制。缺點是模擬系統無法和任何一個統計力學的系綜對應起來； 突然的速度標定引起體系能量的突然改變，致使模擬系統和真實結構的平衡態相 差較遠。 ②Nose：該方法可以把任何數量的原子與一個熱浴耦合起來，可以消除局域 的相關運動，而且可以模擬宏觀系統的溫度漲落現象。 ③Andersen：體系與一強加了指定溫度的熱浴相耦合。 ④Berendsen 控溫機制: 又稱 Berendsen 外部熱浴法。 其基本思想是假設系統 和一個恆溫的外部熱浴耦合在一起， 通過熱浴吸收和釋放能量來調節系統的溫度， 使之與恆溫熱浴保持一致。對速度每一步進行標定，以保持溫度的變化率與熱 浴和系統的溫差(Tbath-T(t))成比例。當系綜選定 NPT 時，控溫機制應用 Nose。 系綜控壓機制。幾種控壓機制 ，下拉菜單有 3 項： ①Andersen：假定系統與外界「活塞」耦合，當外部壓強不能補償系統內部 壓強時，「活塞」運動引起系統均勻地膨脹或收縮，最終使得系統壓強等於外部壓強。Andersen 方法具有重要的意義，後來的各種壓力控制方法基本都是基於 Andersen 思想發展起來的。②Berendsen：這種方法是假想把系統與一「壓浴」相耦合。 ③Parrinello：這種方法允許原胞的形狀與體積同時發生變化，以達到與外壓 平衡。這種方法是對 Anderson 調壓方法的一種擴展，可以實現對原胞施加拉伸 剪切以及混合載入情況的模擬，因此在對材料的力學性質的分子動力學模擬中，得到了廣泛地應用。由於本文採用 NPT 系綜，壓力一定，所以將會看到控壓機制不可選。 Dynamics 運行結束後，可以得到結構圖。
由於高溫(2000K)弛豫，高於熔化溫度，所以此時體系處於液態狀態，因此原 子處於遠程無序狀態。Project Explorer 中還生成了其他一些文件，如能量-模擬時間曲線圖，溫度-模擬時間曲線圖，以及一些輸入輸出文件。高溫弛豫中原子通過遷移、運動或者擴散，逐步降低原來的高內能態，向穩定的低內能態轉變。因此能量隨時間的推移將降低並趨於某一值，而溫度逐漸穩定在設定的 2000K 上下做微小變動。
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MS中discovery模塊
Discover模塊
(1)原子立場的分配：
在使用 Discover 模塊建立基於力場的計算中，涉及幾個步驟。主要有：選 擇力場、指定原子類型、計算或指定電荷、選擇 non-bond cutoffs。 在這些步驟中，指定原子類型和計算電荷一般是自動執行的。然而，在某些 情形下需要手動指定原子類型。 原子定型使用預定義的規則對結構中的每個原子 指定原子類型。在為特定的系統確定能量和力時， 定型原子使工作者能使用正確的力場參數。通常，原子定型由 Discover 使用定型引擎的基本規則來自動執行，所以不需要手動原子定型。然而，在特殊情形下，人們不得不手動定型原子，以確保它們被正確地設置
㈨ 用ms計算原子吸附能為正但電荷密度又顯示2個原子之間形成了鍵是什麼情況
在海水中100萬個氫原子總約含有多少個氘原子?---氘為氫的一種穩定形態同位素,也被稱為重氫,元素符號一般為D或2H.它的原子核由一顆質子和一顆中子組成.在大自然的含量約為一般氫的7000分之一,用於熱核反應.被稱為「未來的天然燃料」.
㈩ 怎麼用ms做出金屬表面吸附化合物的機理
可以用化學吸附儀聯用在線質譜分析，通過TPD分析來做。