❶ 求生物信息學軟體軟體包EMBOSS
介個不是網上直接有下載的么，求啥子嘛，ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/，
❷ 生信菜狗，各種軟體升級後前一版的包怎麼裝回來
可以先把現有的都卸載了
然後重裝miniconda，因為科學計算的包一般都選conda的比較好，
然後就是不知道你是否熟悉虛擬環境，為了避免每次把你的環境搞亂，創建虛擬環境是最保險的
使用類似這樣的命令
conda create -n vname
conda activate vname
❸ 生信自學網player是個什麼東東，哪裡能破解
這是一個視頻文件播放軟體，從圖中看不需要破解的，又沒有加密，是要你關聯相關格式的視頻文件而己
❹ 生物信息學一些基本的常用軟體有哪些
必學：1、計算機基礎（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基礎知識（測序+資料庫+數據格式）
3、生信研究領域（全基因組，全轉錄組，全外顯子組，捕獲目標區域測序）
4、生信應用領域（腫瘤篩查，產前診斷，流行病學，個性化醫療）
分而治之：
一、計算機基礎，需要看三本書，一步步的學會學通，不需要刻意去找哪個書，一般linux是鳥哥私房菜，perl是小駱駝咯，R是R in action，但是看一本書只能入門，真正想成為菜鳥，必須每個要看五本書以上！我雲盤裡面有這基本上的高清列印版，大家可以去淘寶列印一下才幾十塊錢還包郵，對書比較講究的也可以買正版，也不過是一百多塊錢而已！
二、生信基礎知識，測序方面，在網路文庫找十幾篇一代二代三代測序儀資料仔細研讀，然後去優酷下載各大主流測序儀的動畫講解，再看看陳巍學基因的講解；資料庫先看看三大主流資料庫——NCBI,ENSEMBL,UCSC，還有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）同樣也是網路文庫自己搜索資料，但是這次需要自己去官網一個個頁面點擊看，一個個翻譯成中文理解吃透；數據格式講起了就多了，這個主要是在項目流程中慢慢學，或者你有機會去上課，不然你看來也是立馬忘記的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究領域，各個領域主要是軟體繁多，合起來常用的估計有上百個軟體了，一般只有從業五六年以上的人才有可能把它們全部用過一遍，而且這也完全需要項目來訓練，而不能僅僅是看看軟體手冊，但是研究領域最重要的是背後的原理，需要看各大牛的綜述。
a) 生信基礎軟體(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)
b) snp-calling相關軟體（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）
c) 基因組相關軟體（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）
d) 轉錄組相關軟體（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）
❺ 生物信息學常用的軟體有哪些
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank資料庫
資料庫相似性搜索——核酸序列與核酸資料庫比較（BLASTN）
蛋白質序列與資料庫中蛋白質序列比較（BLASTP）
兩序列比對（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析實驗序列外顯子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析實驗序列的可能酶切位點——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
註： Custom digest -- view gel
限制性內切酶資料庫——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
設計引物擴增實驗序列——Genefisher
Primer 3
蛋白質序列分析及結構預測：
1.預測蛋白質的分子量及等電點:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白質的基本物理化學性質：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質在各種蛋白酶和各種化學試劑處理後的內切產物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白質的信號肽：ExPASy（SignalP）
6.預測蛋白質的二級結構：ExPASy（Jpred 3）
多物種分子系統發育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂聯素蛋白質序列：NP_004788
人類胰島素生長因子IB前體：P05019
❻ 用於生物信息分析該如何安裝ubuntu系統
1. 生信軟體系統的選擇——Linux（ubuntu）
對於生信分析人員來說，日常工作，軟體運行，跑流程，均在linux下操作。當然，也有基於雲端的生信分析平台，如免費的Galaxy，或者某些 公司的一站式雲平台。
比較初學者學生物信息還是使用開源軟體、學原理、一步一步運行才有意思。這路子，一定要適應Linux的命令行界面。
選擇windows還是linux？ 一定是linux，windows太多的生物軟體不兼容了。
選擇linux的哪個版本？推薦桌面版的Ubuntu——穩定，美觀，適合初學者之稱；次之，Centos——免費、穩定的伺服器linux版本之稱。
用那種方式安裝linux好？推薦虛擬機安裝。不太建議雙系統，雲端這種。因為，對於初學者在系統中，需要反復折騰，測試，搞垮系統是常事。
選擇開源的VMbox還是商業版VMware？兩者都可以，但各有缺點。VMbox更新比較快，經常更新後，可能會出現報錯，系統無法打開的現象，較低版本的反而比較穩定，如果用好了，不建議經常更新。還有一點是，VMbox在滑鼠控制上，沒有VMware流暢。VMware十分穩定，流程好用。最新版一般要收費。可以選擇比最新版版本稍低的，上網搜注冊碼，免費使用。還是那樣，用好了，不要經常更新。某些生信軟體會提供VMbox的鏡像，如qiime。
VMbox的鏡像能不能轉到VMware上使用？，答案是可以的，使用VMbox的鏡像導出功能，然後使用VMware進行導入，保持兩者格式相同。
❼ 生物信息學安裝哪個版本的linux
本人自大三就開始做生物信息，現在即將讀博士，希望我的經驗可以幫助到你。
既然你是想做生物信息學，那麼相關背景什麼的會了解一些，我在這就不多說了。
首先，確定你自己的背景專業，現在很多學校本科都沒有專門的生物信息學專業，都是掛靠在生命學院或者計算機學院的。所以背景專業一般都是生物學或計算機學，不同的專業將來做生信區別會很大。當然，做什麼方向和背景專業並沒有絕對關系。
如果是生物學背景，那麼將來大部分的工作將會是使用專門的生物信息學分析軟體。所以難度會降低。自學的話，主要學幾下幾點就好：
1、一門腳本語言，個人推薦Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新興一些）。
2、Linux系統。這個也不是百分百要求，但是專業的生信人，都是用Linux的，而且很多軟體都是不支持Windows的。
3、常用的生物信息學資料庫，這里列出幾個，NCBI，Ensembl，EBI，GENEbank等等，這些資料庫下面還分子資料庫，像GEO，GWAS catalog等。當然，還有方向更細的，像miRBase（miRNA資料庫）等。
4、R，這也是一種編程語言，但更加側重結果的展示，實際上也就是畫圖。
5、常用生信分析軟體，這個沒必要專門去學，需要用到他們的時候再學也不晚，都是很簡單的東西。
如果是計算機背景，那麼以後的工作可能主要是演算法分析，創造新的生信分析軟體，做資料庫等。需要自學的就是以上的那些，再加一門工程語言，C，C++，C#，Java都可以。
❽ 生信軟體是不是詐騙
不是。生信軟體是生物信息學，是研究生物信息的採集、處理、存儲、傳播、分析和解釋等各方面的學科軟體，是經過專業機構審核的正規軟體，不是詐騙，用戶可以放心使用。
❾ 生信筆記2-fastqc的安裝和使用
fastqc是查看轉錄組數據質量的軟體
運行結束後生成兩個文件一個.html網頁文件，一個是.zip壓縮文件，只看html網頁文件就可以了
Filename：指的是進行質控的文件名
Encoding：指測序平台的版本和相應的編碼版本號
Total Sequences：指reads的數量
Sequence length：指測序的長度
%GC 指整體序列中的GC含量
此圖中的橫軸是測序序列第1個鹼基到第151個鹼基
縱軸是質量得分，Q = -10*log10（error P）即20表示0.01的錯誤率，30表示0.001，縱軸值越高代表質量越好
圖中紅線表示中值
圖中藍色的細線是各個位置的平均值的連線
序列長度為51bp，那麼這51個位置每個位置Q值的平均值就是這條reads的質量值
# 該圖橫軸是0-40，表示Q值
縱軸是每個值對應的reads數目
這個樣本數據，測序結果主要集中在30-36中，證明測序質量很好！
橫軸是1 - 51 bp；縱軸是百分比
圖中四條線代表A T C G在每個位置平均含量
理論上來說，A和T應該相等，G和C應該相等，但是一般測序的時候，剛開始測序儀狀態不穩定，很可能出現上圖開頭的情況。
橫軸是0 - 100%； 縱軸是每條序列GC含量對應的數量
藍色的線是程序根據經驗分布給出的理論值，紅色是真實值，兩個應該比較接近才比較好
當測序儀器不能辨別某條reads的某個位置都是ATCG哪個鹼基時，就會產生"N"，對所有reads的每個位置統計N的比率。
每次測序儀測出來的長度在理論上應該是完全相等的，但是總會有一些偏差
比如此圖中，51bp是主要的，但是還是有少量的50和52bp的長度
當測序的長度不同時，如果很嚴重，則表明測序儀在此次測序不成功
統計序列完全一樣的reads的頻率。橫坐標是plication的次數，縱坐標是plicated reads的數目
橫坐標為reads位置，縱坐標為Adapter序列佔比；如果fastqc默認參數會將所有的常見的Adapter都列出
正常情況是趨於0的直線，也就是說序列兩端Adapter已經去除干凈；如果有Adapter，需要先用cutadapt去接頭
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❿ 生物信息軟體
還有像treeView,RNA structure 3.5,MACAW等等