育種軟體哪個好

1. GWAS與GS模型介紹與比較

最近看了不少統計基因組方面的資料，以為懂了，其實懵逼。實在是因為統計學基礎太菜，似懂非懂，似是而非。記錄下自己的理解，求輕噴。

GWAS是表型和基因型之間的相關性分析，然而這個相關性用什麼統計方法？

GWAS模型的發展：

實際比例是否符合預期分離比例，若不符合則認為基因與表型相關。計算量大。

首先計算基因和表型之間的相關性（如pearson），再經過r換算為t值，進行t檢驗。計算量小。

直接將基因型x和表型y做回歸擬合，即y=xb+e。

其中y是表型，x是SNP、Q矩陣和總均值的一個綜合變數，e是殘差。

GLM模型中，如果兩個表型差異很大，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等），則那些與該表型無關的遺傳差異也會影響到相關性。MLM模型可以把群體結構的影響設為協方差，把這種位點校正掉。此外，材料間的公共祖先關系也會導致非連鎖相關，可加入親緣關系矩陣作為隨機效應來矯正，即y=Xb+Zu+e，Z為親緣關系矩陣，u為個體育種值，其他同GLM。

GLM是固定效應模型。MLM除了固定效應，還加入了隨機效應，即親緣關系矩陣。所謂的固定效應是有限水平的，易控制的，關心的是水平上的影響；而隨機效應有很多水平，關心的是水平背後的群體（如均值，方差等）。

有種只可意會，不可言傳的感覺。我網路了下，認為它解釋的還可以： 隨機效應模型

MLM的矯正過於嚴格，會把一些真實相關的SNP標記也過濾掉，因此CMLM模型目的是重新檢測到那些假陰性SNP標記。

方法是根據個體遺傳關系的相似性將其分組，然後將壓縮後的組當做協變數，替換原來的個體。組內個體的親緣關系都是一樣的。

問題來了，CMLM應該選擇哪些SNP來計算親緣關系矩陣，答案是使用所有跟表型相關的SNP（且排除了檢測到的那個SNP）來構建親緣關系矩陣的效果最好，這就是 SUPER (Settlement of Kinship Under Progressively Exclusive Relationship, 逐步排他性親緣關系解決方案)。
QTN（數量性狀SNP），即控制QTL的SNP。

GWAS的瓶頸一是計算速度，二是統計准確性。FarmCPU能提升速度和准確性，首先把隨機效應的親緣關系矩陣（Kinship）轉換為固定效應的關聯SNP矩陣（S矩陣/QTNs矩陣），使計算速度大大加快；其次利用QTN矩陣當做協變數，重新做關聯分析，提升准確率。

SUPER和FarmCPU都是把bin（一段區域，比如10kb）當做SNP單位，而不是單個SNP。

Blink是進階版GWAS，也是為提高速度和准確率。如下圖所示：先用上方的GLM模型獲得QTNs，然後用右側的GLM以QTNs當做協變數進行SNP檢測，得到的SNP根據LD信息確定QTNs的信息（根據染色體實際位置來選擇對應的bin大小），進而利用左側的GLM以BIC（Bayesian information criterion）策略進行QTNs准確性檢測，排除假設錯誤的部分，保留真實的QTNs，不斷循環這一過程，直到檢測到所有關聯SNP（即QTNs）。

模型總結：
這里是以張志武老師《統計基因組學》課程整理，所以重點介紹的是他們課題組開發的模型。

GWAS常用軟體：

GS模型的發展：

當控製表型的基因數量比較少，同時遺傳力比較高的性狀，可以用少量標記對表型進行很好的預測。

利用個體親緣關系構建協變數矩陣，然後根據個體育種值對表型進行預測。

如果把GBLUP中構建協變數的個體親緣關系矩陣換成SNP標記構成的關系矩陣，構建模型，然後對個體進行預測，就是rrBLUP的思路。

也就是把模型y=Xb+Zu+e變為y=Xb+Ms+e：
其中M是SNP構建的矩陣（替換個體親緣關系矩陣Z），s就是標記（替換個體u）。

rrBLUP假設所有標記效應符合一個正態分布，同時標記效應的方差（σ^2）相等，這可能與基因的實際效應值不相符。

這時引入了貝葉斯的分析方法：預期控製表型的基因數目未知，基因效應值的分布未知。根據預先假定基因的數量和基因效應值分布的不同，建立了不同的貝葉斯模型，如BayesianA,B,C,Cπ,LASSO等。

其差別主要在於：標記效應是否符合相同分布；是否所有標記都有效應值；標記效應方差服從什麼分布。

不同貝葉斯模型的假設和分布可參考之前的推文： # 【GS文獻】基因組選擇技術在農業動物育種中的應用

用圖形直觀表示不同的貝葉斯方法，下圖中π表示沒有標記效應的比例。

嶺回歸的所有標記效應方差都相等；貝葉斯A是所有標記都有效應方差，但不同標記有不同的效應方差；貝葉斯B是部分標記有效應方差，同時具有差異；貝葉斯Cπ是部分標記效應有方差，同時所有方差都相等。

GS常用免費開源R包：

如果GWAS使用的是MLM模型及其進階版，那麼它和GS用的其實是同一模型。

只是GWAS的重點在挖掘顯著性位點，關注固定效應Xb，加入隨機效應只是為了控制與表型顯著相關位點的假陽性；而GS重點在計算育種值，關注隨機效應Zu，加入固定效應是為了控制不同個體相同的部分。

兩種方法雖然模型一樣，但應用方向不同，所以視為不同技術，實際上是一回事兒。我們可以將二者結合起來，比如先用GWAS找出顯著位點，再加入GS的固定效應中，可能會使預測的准確性更高。或者是如果標記數目太多，我們不想過濾掉一些無關標記，就可以結合GWAS的結果來過濾。

在GS和GWAS的結合方面，也已經有了一些模型和演算法，如SSGBLUP，GS + de novo GWAS，GS + historical GWAS等。

致謝：
感謝張志武老師提供的最新教程以及開發的工具，感謝知乎張帆的課程總結。教程PPT參考： ## Statistical Genomics: 2020

2. 信鴿能查指定的軟體是什麼

目前還沒有指定的軟體，很多軟體都是根據不同的需求開創的，目前常見的軟體有以下幾種：

1、青鴿網app
青鴿網app是一個專業的信鴿信息交流平台，青鴿網app為大家提供最新的鴿類新聞資訊、鴿業動態等，青鴿網app是每個養鴿人必備的手機行業軟體之一！軟體介紹青鴿網app是青年信鴿信息網，專業賽鴿信息。
2、鴿派app
168信鴿比賽報道系統，以及多款賽鴿在線直播平台，擁有信鴿鴿王賽、賽鴿團體賽、賽鴿指定鴿賽。
3、愛鴿者app
愛鴿者客戶端是由重慶愛鴿者智能科技有限公司自主研發的賽鴿管理移動端軟體，圍繞賽鴿「種、配、養、訓、賽」等維度，為廣大賽鴿愛好者提供愛鴿記錄、血統管理、育種管理、訓賽管理、賽線查詢、鴿舍日記本、數據分析。
4、鴿羽林app
亞訊信鴿旗下的鴿羽林，是以每個鴿友為中心，立志成為信鴿養、訓、賽的綜合服務平台。目前，根據信鴿家訓場景提供了訓放平台，除提供便捷的信鴿實時飛行狀態查看等基礎功能外，還能查看已完成的歷史訓放數據和分析歷。（源於網路資料）

3. 在種子的育種考種中，人工智慧如何賦能考種測產托普雲農種業APP是否可以檢測植物表型及產後考種測產

隨著科技的發展，人工智慧在農業中的應用已經非常普遍，例如在農業的最前端的種子行業，利用人工智慧的圖像識別技術開發的種業智能APP就是托普雲農研發的一款種子專業領域的實用工具，旨在提升人工數粒的效率與准確率，解放種業人才資源，激發產業活力。該APP利用圖像識別技術，編寫萬能演算法程序，能夠支持玉米、水稻、小麥、大豆、草籽等各式粒型種子的自動數粒，只需要拍一張照片，即可在幾秒內快速讀取種粒數量，配和手動修正功能，准確率能達到100%，目前這款APP是免費下載使用，使用非常的方便快捷。

4. 免費領養寵物的軟體有哪些啊那個好用有寵APP好用嗎

1、有寵

應用介紹：寵物——您身邊的寵物醫生，最有趣的寵物社區，最體貼的寵物助手；傻傻的哈士奇，可愛的小泰迪，溫暖的大金毛，都在這里可以找到。

特點：

－附近的寵物：快速定位附近的寵物，幫助你的寵物找到新朋友；，

－專家在線：知名寵物專家為您解答寵物醫療護理、寵物美容保養、寵物培訓等問題；，

－寵物分享：分享美麗的寵物圖片和視頻；，

－寵物訓練秘密、疾病自我檢查、寵物體重測試、品種網路全書……飼養寵物所必需的；，

2、寵物時間

應用介紹：寵物時間是手機社交軟體的寵物為主題，隨著時間的推進，你總是可以找到你寵物的寵物和寵物主人，與此同時，您可以發布您自己的寵物信息或要求，如育種，如採用，寄養，信息或服務，使愛寵的人，學會分享寵物一起玩。

3、養養寵物

養寵物的應用是一個專注於寵物寵物採用社交軟體，養寵物的應用讓收養而不是買賣，有效解決流浪寵物的問題，整合周邊服務，充分滿足需求的提高寵物的日常需求，養寵物提供准確的社會應用程序更清晰的人群，破壞，救援，和其他功能，讓你保持寵物生活得更輕松愉快。

4、領狗狗

關於應用：領狗狗是一個真正的寵物狗免費收養工具應用程序，該app擁有全面的寵物信息和眾多的寵物相關服務，包括收養、馴狗、養狗、尋狗、美容等服務，中國最專業的寵物領養購買平台。

5、愛寵網領養

應用程序介紹：愛寵網路是基於後解決寵物的日常生活，為愛寵人圓，創建社區寵物生活樂趣分享電子商務平台，通過熟悉的朋友享受方便的購物網站低成本同時也讓熟悉的朋友和熟悉的朋友愛寵生活變得更加豐富多彩，充滿樂趣。

5. 養豬場管理軟體

現在豬場管理軟體是挺多的，說明養殖在進步，信息化技術在養殖業越來越重要，您有這樣的提問，說明您是這個行業的引領者（領導者）；哪款比較好用，建議選擇有實力的專業軟體研發企業、操作簡捷、實用簡單、系統安全、全面高效、有價值的，框架比較成熟的、更新比較快的，更適合自己企業的、完全滿足豬場管理需求的軟體。具體要更具自己實際情況來選擇；國內的軟體大多是近幾年在開始研發，不成熟、經驗不足，缺乏實用經驗，價格低廉（炒作多、沒有價值），一般是從不使用----免費試用---不好用---不實用，最後喪失使用的信心；大多是增加工人的工作量，缺乏為企業增加實際經濟價值的能力。如果您不是為了虛誇，而是想真正為企業創造更好的經濟價值，建議選擇法國ISAGRI公司的，有繁殖版、經濟版、種豬版，這家企業是世界上最成熟的豬場管理軟體研發企業，有30年的研發實用經驗，有專業研發更新團隊，沒有試用版，全是實用版，真真正正通過管理提升養殖水平，為企業獲得更好的經濟價值。通過對母豬的管理可提高斷奶仔豬數，提升母豬的繁殖性能；提高對種豬的管理可顯著提高遺傳進展，科學育種。通過對肥豬的管理可顯著提升利潤空間，用人的無限潛能開發豬的有限潛能。僅供參考，希望能給你帶來幫助！

6. 育種軟體能帶給育種者什麼

育種軟體，可能大家不陌生了，但是跟很多育種工作者接觸後，感覺還是很有必要說說這個話題，一來，大家對育種軟體還是希望多了解一些的，二來，育種軟體本身能夠帶給育種者的真的很多。 育種軟體是統計軟體嗎？ 一育種軟體不同於統計軟體 有的用戶一聊起育種軟體，就會將其等同於統計軟體，這是不對的。統計軟體，象SAS、SPSS等，是以提供統計分析為主一類軟體，如SPSS，英文全稱為Statistical Proct and Service Solutions（統計產品與服務解決方案），其並不單獨為育種服務。當然，育種軟體需要提供生物統計的功能支持，以服務於育種的試驗設計和數據分析。 二育種軟體主要功能 1、對育種數據管理功能很多育種者對這一點沒有感覺，最近幾年，情況有所好轉，逐漸開始認識到，育種數據的管理是重要的一件事情，至少是有必要的。我們提過一個理念「育種數據管理第一重要」，就是希望引起大家對這個問題的重視。育種數據管理是一項復雜的工作，育種年限長，多年多點多材料，人員變動，材料變動，都使育種數據管理成為一項很有挑戰性的工作。沒有育種數據管理，就沒有育種數據積累，而科學的育種數據管理工具和手段是保證育種數據安全性，可重復利用的根本保證。育種工作需要淘汰材料，但是如果連育種數據也淘汰了，你的育種積累、育種基礎在哪裡呢？好的育種數據管理應該忠實保留育種第一手資料、原始資料。 2、對育種數據利用功能EXCEL對育種數據的利用是不方便的，多個文件方式，不能夠自動建立材料間的聯系。但仍然有那麼多的人在使用EXCEL，我想操作的習慣依賴性可能是一個重要的原因，多年的數據都存儲成EXCEL格式，對大數據量轉移的安全性擔心應該也是一個原因。但，不做出改變，育種數據的方便利用就無法實現，孰輕孰重，很明了。數據管理是基礎，數據利用才有支撐。 3、對育種知識的承載應用功能育種軟體可以固化承載育種思想，育種路線，育種標准，化無形為有形，變不好掌握為數據標准化。舉個例子：田間數據採集，測株高，有人寫成1.8（米），有人寫成220（厘米），在多人工作的情況下，容易出現這樣的「差錯」。標准人為把握，人是會犯錯誤的。育種軟體可以設立採集數據終端控制標准，如規定，株高的採集量綱統一為厘米。這就是一個「平台」，一個融合了特有育種思想、育種方法、試驗要求的育種技術平台。培訓、言傳身教，通過育種軟體、育種平台，保留下來、傳承下去，這是財富。有一天，我們可以擁有自己的育種資料庫4、對育種新技術新方法的傳遞利用我們知道，育種是要靠科學的，靠遺傳學、數量遺傳學、生物統計、生物信息學的。跟育種有關的學科很多，都可以為育種工作提供幫助。但是科學前沿的最新進展不少需要計算機的支持才能得以實現，把理論或者方法變成實實在在的應用有很長的路要走，電腦---編程----模型----數據，育種軟體通過升級的方式，可以及時將新育種數據分析方法等實現為軟體功能，提供給用戶應用。育種軟體對育種的支撐絕不是一個簡單的軟體，軟體系統的背後有專業的統計學家、數學家、遺傳學專業人士在支撐用戶的育種工作。舉個例子：分子標記盡管離一線育種，常規育種很遠，但是依據分子標記可以很好的分析自交系間的親緣關系，從而可以構建出准確的親緣關系系數矩陣，為BLUP在玉米育種的雜交組合預測方面提供有力支持。 有的單位選擇育種軟體自我開發，我想給出一個忠告，不要把育種軟體簡單等同於一個MIS系統，那樣會走到死胡同里去的。 三信息技術對育種的支撐這是一個很冠冕堂皇的說法，但我想談些實實在在的應用。育種者都會寄希望於採用育種軟體可以減輕育種工作強度，別象以前那麼累了，這是完全可以實現的，至少會好很多。 信息技術之：條碼掃描技術在育種工作中採用條碼掃描技術，將手寫牌變為條碼列印機列印條碼，好處就很多。好處有：1、保密性增強了。這是國內育種不怎麼考慮的問題，商業化育種如果不考慮保密性設計，那你趁早別做了。2、差錯率降低了。條碼識別，避免了手寫牌的出錯或者模糊問題。3、育種流程可以調整的更科學了。手寫牌這個環節可以省掉了，後期數據採集，直接掃描條碼，省去了人為查找的環節。 再舉個例子，不少用戶跟我討論，能不能想辦法將株高測量變得容易，讓測株高更簡單。為這個事情我們特意做了調研，有2點結論供參考a 是有很多電子儀器設備可以用於測量株高，比如，手持激光測距設備，還有帶感測器的測距儀，不宜採用，原因是，手持激光測距設備使用方便，但需要設置反射板，帶感測器的測距儀等設備需要電源支持，這些都不適合田間株高測量。b某國際種業巨頭也是採用直尺進行株高測量。所以，田間株高測量不能靠工具來改善了。 提供一個可行方案，我們的一個用戶發明了這樣的方法：事先列印若干個條碼標簽，如玉米，180,185,190,195,200,205,210等，將條碼簽貼在卡尺上，位置大概跟手握處持平，田間測株高時，先掃行號，然後用卡尺量株高，目測高度估出數值後，如：株高200，掃200那個條形碼。速度奇快，一個人測株高，效率極高。拋磚引玉，類似的辦法，肯定不少。 信息技術之：移動採集設備移動採集設備就是一個微電腦，一個電子記載本，田間採集數據直接記錄在移動採集設備上，省去了田間先記錄在記載本上，回室內二次錄入整理的環節。差錯率自然降低了。<proinsight-br>

7. 豬場管理軟體哪個好

客觀的看，這個應該要看你廠子里的規模（母豬的頭數），如果母豬不多，其實用Excel表就完全可以，用不著再去找軟體。如果母豬再多一些，可以考慮上一款生產上的軟體，500頭母豬以下的個人感覺只用一款管理生產的軟體就完全OK，其他的像物料管理，進銷存啊這些完全沒有必要，生產才是王道，才是基礎，有豬，才有一切，這個時候豬場的一切都應該圍繞著怎麼提高主場生產力轉，一切為「如何提高在單位時間成本、單位金錢成本下生出更多的豬肉」這個目標服務，所以這個時候需要什麼軟體就很顯然了，你只需要找一款專門管理生產上的軟體就OK，比如這款（利益相關—愛思農銀合）網頁鏈接

愛思農銀合--農戶通

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文章一氣呵成，如果有錯別字其他問題多多包涵

寫完之後總覺得意猶未盡，詞不足意，

如果還有其他問題接著提問就好

或者我們找機會泡杯茶，好好聊一聊

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8. 雙陰豬和單陰豬是什麼意思

1 關於基因
根據刊登在《自然》雜志上的研究發現，豬擁有與人類相同的與很多人類疾病有關的基因和蛋白質變異，例如阿爾茨海默病、帕金森氏症以及肥胖症。研究人員指出，通過進一步研究，豬的基因可以孕育出新療法，對抗這些疾病。

通過對豬基因組研究，科學家發現豬擁有很強的適應能力，容易被食物誘惑和馴化，這些特徵都與人類非常相似。

2 歷史起源
豬的起源最長可追溯到四千萬年，有跡象證明家豬可能來自歐洲和亞洲，在被人們發現的化石中證明有像野豬一樣的動物穿梭於森林和沼澤中等。

野豬 （圖片皆來源網路，侵刪）
中國養豬的歷史可以追溯到新石器時代早、中期。我國迄今發現的最早家豬，一般認為是距今約8000年的河北省武安縣磁山遺址.。先秦時期 據殷墟出土的甲骨文記載，商、周時代已有豬的舍飼。而後隨著生產的發展，逐漸產生了對不同的豬加以區分的要求，商、周時代養豬技術上的一大創造是發明了閹豬技術。

3 繁殖性能
豬的繁殖性能非常強悍，不同品種繁殖性能差異略有不同，太湖豬以繁殖性能高著稱於世，是全世界已知豬品種中產仔數最高的一個品種。有記載顯示，太湖豬最多一次產子數達到42頭。

太湖豬
4 關於品種
我國有十大土豬品種：1、互助八眉豬；2、榮昌豬；3、寧鄉豬；4、陸川豬；5、淮豬；

6、太湖豬；7、金華兩頭烏豬；8、東北名豬；9、香豬；10、藏豬。

此外，目前規模化養殖育肥豬常見的還是以長白豬、大白豬、杜洛克豬雜交而選育的外三元為主，外三元，外三元顧名思義都來源國外，雜交組合其後代抗逆性強，具有十分明顯的雜種優勢（抗病性能、繁殖性能、育肥性能等），因此市場多以外三元為主。

外三元豬
5 關於壽命
由於不同的豬體質不同，而且有所分類，壽命也就參差不齊，但依照科學的數據，正常的豬平均壽命大概是在二十年左右，最長紀錄達50年之久。

6 關於嗅覺
豬科動物有極其發達的嗅覺，靈敏程度是狗的2~3倍，有的豬甚至能用鼻子嗅出埋在土裡的地雷。 豬在6米遠的地方，就能嗅到長在25～30厘米深的地底下的黑松露菌（一種昂貴的植物）。豬類的嗅覺很靈敏，部分國家海關、機場會用經過訓練的緝毒豬來搜查毒品以及違禁品。

7 關於智商
豬科動物的平均智商在70到85之間，相當於3至5歲的幼兒。它們更多的表現出大智若愚的樣子。別人說你笨豬時，你要好好考慮下有沒有誇你的意思。

8 關於存欄
我國生豬養殖量佔世界生豬總養殖量56.6%，我國生豬養殖在全世界的地位十分重要（也就是說，我國一旦缺豬，全世界豬價都會上漲）。豬肉在中國國內肉類產量和消費量佔比均超過百分之六十。2017年中國生豬飼養產值接近1.3萬億，占國內畜禽（豬牛羊禽）飼養總產值比重約56.6%，生豬產業體量巨大。

9 關於消費
我國是豬肉消費大國，豬肉菜及各類豬肉製品更是中國人春節餐桌上必不可少的美食。雖然我國消費總量已從2014年最高峰時的5719萬噸下降到去年的5489萬噸，但仍然穩佔全球一半份額——也就是說，中國人口雖然只是世界五分之一，但每兩斤豬肉里就有一斤是被中國人吃掉的。人均每年豬肉消費量達到40公斤（

9. 常見的育種設備有哪些

1.育種小區遠程監控系統
育種小區遠程監控系統具有視頻監控、環境監測、無線覆蓋等功能，主要用於獲取育種基地的氣象信息，遠程查看基地作物生長情況，育種家可在任意地點通過瀏覽器查看視頻及氣象數據。
2.種子標准樣品庫管理軟體
種子標准樣品庫管理軟體主要用於小麥、玉米、水稻等作物種質及中間材料等育種資源的信息化管理。通過條形碼或電子標簽為每一份種子建立唯一標識，實現育種資源的動態出入庫管理與預警提醒、遠程查詢檢索，促進育種資源的妥善保管。
3.大米外觀品質檢測系統
大米外觀品質檢測系統又稱大米外觀品質檢測儀、稻米品質分析儀、米質判定儀。大米外觀品質檢測系統可自動分析評價各類大米（秈米、粳米、糯米、絲苗米，特種米、有機米等），是一款通過掃描儀獲得大米圖像後實現稻穀、大米外觀品質指標自動檢測的專業儀器。
4.考種系統
考種系統可以測量水稻、小麥、油菜、大豆等作物種子，採用高精度稱重感測器及高解析度攝像頭拍攝被測種子圖像，在獲取種子重量的同時，計算出被測種子的粒數，根據被測種子粒數和重量，可快速獲取種子的千粒重、平均長、寬等信息。
5.作物葉片形態測量儀
作物葉片形態測量儀採用機器視覺技術，利用手機高清攝像頭獲取作物葉片圖像，現場進行圖像處理，獲取葉片的形態參數。一次測定，可同時獲得葉片面積、長度、寬度、病斑面積等多項參數，葉片測量可以在離體或活體情況下測量，測量數據可通過無線傳輸至伺服器。
6.攜帶型玉米株高測量儀
攜帶型玉米株高測量儀基於機器視覺技術，利用攝像頭獲取玉米株高測量尺圖像，通過演算法現場分析，實時獲取玉米株高數據。測量不受天氣、光照等條件的影響，方便田間測量使用；32G存儲容量，可同時存儲數據和刻度圖像；最高測量高達3m，滿足大部分玉米株高測量需求。

10. 生財番茄採集軟體

番茄採集是一款拼多多店群無貨源用的採集軟體，有關鍵詞採集、鏈接採集、同行採集、全網數據、類目熱詞、熱詞搜索等功能，不需要買手號和66代理就可以用，是一款不錯的採集軟體更多詳情可網路參考一下。