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怎样用软件计数图片中细胞的个数

发布时间:2022-06-16 01:01:19

❶ 对红细胞灰度图像中的细胞进行计数统计,会用到哪些数字图像处理技术

这个我可以回答你,需要一个matlab软件就ok。用到二值化,滤波,开运算闭运算等处理,最有有一个判定算法。

❷ imagej细胞计数步骤

自动细胞计数
-壹-

导入图像
打开想要处理的图像,这里我们以一张DAPI免疫荧光染色的照片为例进行说明。如下图。

点击File>Open>打开准备好的图像,也可将图片直接拖动到菜单栏,即可打开。如下图。

-贰-

将图像转为8-bit
首先需要将图片转为黑白灰的图像,方便后续识别细胞。

点击Image>Type>8-bit,此时图片即已被去色。

-叁-

调整阈值,去除背景,选中细胞
①点击Image>Adjust>Threshold对阈值进行调整,主要是为了选择细胞区域;

②因为利刃君这里选择的是B&W(Black and White),所以图像中黑色的区域就是已经选中的区域,这里可以进行更改,如若改为red,则红色区域为选中的区域;

③另外我们发现Threshold窗口中有两个调节框,我们可以通过左右拖动调节框中的滑块对选择的区域进行调整。原则是尽可能的包含所有的细胞同时去除背景中的杂质。

④拖动完成后点击Apply,这样阈值就设置好了。

-肆-

填补细胞核的空隙
在调节阈值减少背景的同时,可能细胞的一些不均匀部分也被减弱了,这时就需要进行空隙填补,使得细胞变成实心球形来使自动细胞计数的结果更加可靠。

点击Process>Binary>Fill Holes即可,如果没有出现细胞有空隙的情况,则这一步就不需要进行。

-伍-

打断细胞核的重叠部分
细胞密度比较大时,通常会有细胞重叠或者贴近的情况。就会导致软件识别时将两个粘连在一起的细胞识别为一个,这时我们就需要利用Watershed自动识别重叠部分,随后再将两个细胞分离开来。

点击Process>Binary>Watershed,此时可以看到粘连在一起的细胞已经被分开。

-陆-

自动分析、计数颗粒
点击Analyze>Analyze Particles,出现Analyze Particles界面,根据处理图像的不同,设置不同的参数。

Size:0.05-Infinity——指分析颗粒尺寸大于0.05(一定注意这里的单位是inch),一直到无穷大的颗粒。(根据细胞大小,以及结果好坏来更改)一般可以通过选框工具选择最小的细胞,点击Analyze>Measure来看一下其大小,如我们这里显示Area为104,我们就可以设置Size大小为90-Infinity。

Circularity:0.00-1.00——指圆度,可以根据细胞形状,调整需要的圆度,1.00为标准圆,一般情况下只根据Size进行限制就可以了。

Show:Overlay——指原本图片上会展示出分析结果的外框。

Exclude on edges——处于边缘的颗粒不计入。

设置完成后,点击OK,即出现以下结果,Results窗口中显示了统计出的细胞的数目,并且显示了每个细胞的面积,一共为162个细胞。

❸ 能否用PS对照片中的菌落数进行计数

不能,毕竟不同细菌生长状态不一样,PS没有合适的图形分辨能力,也无法统计规定的平板或其它一定面积下的菌落总数。
有条件请用专业设备自动扫描后自动计数。没条件只能用标准平板截取后数了。最多扫描后在PS里放大方便肉眼识别计数。
计数和报告
1.操作方法:培养到时间后,计数每个平板上的菌落数。可用肉眼观察,必要时用放大镜检查,以防遗漏。在记下各平板的菌落总数后,求出同稀释度的各平板平均菌落数,计算处原始样品中每克(或每ml)中的菌落数,进行报告。
2.到达规定培养时间,应立即计数。如果不能立即计数,应将平板放置于0-4℃,但不得超过24h。
3.计数时应选取菌落数在30~300之间的平板(SN标准要求为25~250个菌落),若有二个稀释度均在30~300之间时,按国家标准方法要求应以二者比值决定,比值小于或等于2取平均数,比值大于2则其较小数字(有的规定不考虑其比值大小,均以平均数报告)。
4.若所有稀释度均不在计数区间。如均大于300,则取最高稀释度的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如均小于30,则以最低稀释度的平均菌落数乘稀释倍数报告之。如菌落数有的大于300,有的又小于30,但均不在30~300之间,则应以最接近300或30的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如所有稀释度均无菌落生长,则应按小于1乘以最低稀释倍数报告之。有的规定对上述几种情况计算出的菌落数按估算值报告。
5.不同稀释度的菌落数应与稀释倍数成反比(同一稀释度的二个平板的菌落数应基本接近),即稀释倍数愈高菌落数愈少,稀释倍数愈低菌落数愈多。如出现逆反现象,则应视为检验中的差错(有的食品有时可能出现逆反现象,如酸性饮料等),不应作为检样计数报告的依据。
6.当平板上有链状菌落生长时,如呈链状生长的菌落之间无任何明显界限,则应作为一个菌落计,如存在有几条不同来源的链,则每条链均应按一个菌落计算,不要把链上生长的每一个菌落分开计数。如有片状菌落生长,该平板一般不宜采用,如片状菌落不到平板一半,而另一半又分布均匀,则可以半个平板的菌落数乘2代表全平板的菌落数。
7.当计数平板内的菌落数过多(即所有稀释度均大于300时),但分布很均匀,可取平板的一半或1/4计数。再乘以相应稀释倍数作为该平板的菌落数。
8.菌落数的报告,按国家标准方法规定菌落数在1~100时,按实有数字报告,如大于100时,则报告前面两位有效数字,第三位数按四舍五入计算。固体检样以克(g)为单位报告,液体检样以毫升(ml)为单位报告,表面涂擦则以平方厘米(cm)报告。

❹ 如何计数TUNEL切片上的总细胞数

你是计算凋亡细胞总数还是所有肿瘤细胞总数?还是你的检测方法 荧光显微镜检测还是流式细胞仪?检测的是HE切片上 还是细胞爬片 还是细胞悬浮液?
细胞悬浮液通常用流式,其他的都可直接镜检。

按理论讲,显微镜数荧光点就是你所需要的凋亡细胞数了,但细胞总数的话可以再荧光淬灭后做HE染色,然后利用计算灰度的方法让软件自动读数。
流式细胞仪可以自动读数并统计。

❺ 如何对显微图片中的细胞进行计数,

可以利用显微成像后将其保存,最后利用ImangeJ进行分析,但是密度大时其分析误差比较大,最好所成像中无细胞重叠或接触(其实这个技术就是因为达到上述要求后人工计算相对耗时更短而成为了鸡肋技术,毕竟成像后还得后期处理和会使用并能熟练其开放平台)综上,该技术可以使用在大批量多次数的实验中,要自我设置较好的浓度梯度并每次有张好的成像图。最大的缺点就是无论你是否熟练掌握该软件及其开放平台,它都没能遵循我们血球计数板的计数原则。望采纳!如果有什么问题可以E我,[email protected]

❻ 细胞电子照片,细胞如何计数

用Image-Pro plus或者Image-J,网上教程一堆,都是基于图像分析技术,根据灰度得到的

❼ 怎样用imagej软件计数

这个问题不精确,计数可以简单理解为对细胞或者阳性的范围进行计数。这个是imagej使用非常基本和简单的操作,简言之,就是先通过阈值选定细胞或者待分析区,再进行相关参数的计算。

❽ 用什么软件可以在图片中计数

我有一个方法是用PS的,不知道对你有没有帮助。你可以先用曲线把深颜色的突出一下。希望对你有帮助。

❾ 有什么软件能够帮助数清楚细胞培养皿中的细胞数量

要进行细胞计数~~用胰酶消化细胞悬浮1ml培养基吸取5微升至1ml离管加入45微升提前配含台盼蓝pbs吹打均匀用20微升枪吸10微升至细胞计数板显微镜计数计数乘10细胞数1ml细胞培养皿细胞计算10000细胞需要少体积计算加入12孔板~~要清楚问~

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