❶ 求生物信息学软件软件包EMBOSS
介个不是网上直接有下载的么，求啥子嘛，ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/，
❷ 生信菜狗，各种软件升级后前一版的包怎么装回来
可以先把现有的都卸载了
然后重装miniconda，因为科学计算的包一般都选conda的比较好，
然后就是不知道你是否熟悉虚拟环境，为了避免每次把你的环境搞乱，创建虚拟环境是最保险的
使用类似这样的命令
conda create -n vname
conda activate vname
❸ 生信自学网player是个什么东东，哪里能破解
这是一个视频文件播放软件，从图中看不需要破解的，又没有加密，是要你关联相关格式的视频文件而己
❹ 生物信息学一些基本的常用软件有哪些
必学：1、计算机基础（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基础知识（测序+数据库+数据格式）
3、生信研究领域（全基因组，全转录组，全外显子组，捕获目标区域测序）
4、生信应用领域（肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗）
分而治之：
一、计算机基础，需要看三本书，一步步的学会学通，不需要刻意去找哪个书，一般linux是鸟哥私房菜，perl是小骆驼咯，R是R in action，但是看一本书只能入门，真正想成为菜鸟，必须每个要看五本书以上！我云盘里面有这基本上的高清打印版，大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮，对书比较讲究的也可以买正版，也不过是一百多块钱而已！
二、生信基础知识，测序方面，在网络文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读，然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解，再看看陈巍学基因的讲解；数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC，还有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）同样也是网络文库自己搜索资料，但是这次需要自己去官网一个个页面点击看，一个个翻译成中文理解吃透；数据格式讲起了就多了，这个主要是在项目流程中慢慢学，或者你有机会去上课，不然你看来也是立马忘记的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域，各个领域主要是软件繁多，合起来常用的估计有上百个软件了，一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍，而且这也完全需要项目来训练，而不能仅仅是看看软件手册，但是研究领域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的综述。
a) 生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)
b) snp-calling相关软件（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）
c) 基因组相关软件（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）
d) 转录组相关软件（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）
❺ 生物信息学常用的软件有哪些
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
❻ 用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统
1. 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）
对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。
比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。
选择windows还是linux？ 一定是linux，windows太多的生物软件不兼容了。
选择linux的哪个版本？推荐桌面版的Ubuntu——稳定，美观，适合初学者之称；次之，Centos——免费、稳定的服务器linux版本之称。
用那种方式安装linux好？推荐虚拟机安装。不太建议双系统，云端这种。因为，对于初学者在系统中，需要反复折腾，测试，搞垮系统是常事。
选择开源的VMbox还是商业版VMware？两者都可以，但各有缺点。VMbox更新比较快，经常更新后，可能会出现报错，系统无法打开的现象，较低版本的反而比较稳定，如果用好了，不建议经常更新。还有一点是，VMbox在鼠标控制上，没有VMware流畅。VMware十分稳定，流程好用。最新版一般要收费。可以选择比最新版版本稍低的，上网搜注册码，免费使用。还是那样，用好了，不要经常更新。某些生信软件会提供VMbox的镜像，如qiime。
VMbox的镜像能不能转到VMware上使用？，答案是可以的，使用VMbox的镜像导出功能，然后使用VMware进行导入，保持两者格式相同。
❼ 生物信息学安装哪个版本的linux
本人自大三就开始做生物信息，现在即将读博士，希望我的经验可以帮助到你。
既然你是想做生物信息学，那么相关背景什么的会了解一些，我在这就不多说了。
首先，确定你自己的背景专业，现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业，都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学，不同的专业将来做生信区别会很大。当然，做什么方向和背景专业并没有绝对关系。
如果是生物学背景，那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话，主要学几下几点就好：
1、一门脚本语言，个人推荐Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新兴一些）。
2、Linux系统。这个也不是百分百要求，但是专业的生信人，都是用Linux的，而且很多软件都是不支持Windows的。
3、常用的生物信息学数据库，这里列出几个，NCBI，Ensembl，EBI，GENEbank等等，这些数据库下面还分子数据库，像GEO，GWAS catalog等。当然，还有方向更细的，像miRBase（miRNA数据库）等。
4、R，这也是一种编程语言，但更加侧重结果的展示，实际上也就是画图。
5、常用生信分析软件，这个没必要专门去学，需要用到他们的时候再学也不晚，都是很简单的东西。
如果是计算机背景，那么以后的工作可能主要是算法分析，创造新的生信分析软件，做数据库等。需要自学的就是以上的那些，再加一门工程语言，C，C++，C#，Java都可以。
❽ 生信软件是不是诈骗
不是。生信软件是生物信息学，是研究生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等各方面的学科软件，是经过专业机构审核的正规软件，不是诈骗，用户可以放心使用。
❾ 生信笔记2-fastqc的安装和使用
fastqc是查看转录组数据质量的软件
运行结束后生成两个文件一个.html网页文件，一个是.zip压缩文件，只看html网页文件就可以了
Filename：指的是进行质控的文件名
Encoding：指测序平台的版本和相应的编码版本号
Total Sequences：指reads的数量
Sequence length：指测序的长度
%GC 指整体序列中的GC含量
此图中的横轴是测序序列第1个碱基到第151个碱基
纵轴是质量得分，Q = -10*log10（error P）即20表示0.01的错误率，30表示0.001，纵轴值越高代表质量越好
图中红线表示中值
图中蓝色的细线是各个位置的平均值的连线
序列长度为51bp，那么这51个位置每个位置Q值的平均值就是这条reads的质量值
# 该图横轴是0-40，表示Q值
纵轴是每个值对应的reads数目
这个样本数据，测序结果主要集中在30-36中，证明测序质量很好！
横轴是1 - 51 bp；纵轴是百分比
图中四条线代表A T C G在每个位置平均含量
理论上来说，A和T应该相等，G和C应该相等，但是一般测序的时候，刚开始测序仪状态不稳定，很可能出现上图开头的情况。
横轴是0 - 100%； 纵轴是每条序列GC含量对应的数量
蓝色的线是程序根据经验分布给出的理论值，红色是真实值，两个应该比较接近才比较好
当测序仪器不能辨别某条reads的某个位置都是ATCG哪个碱基时，就会产生"N"，对所有reads的每个位置统计N的比率。
每次测序仪测出来的长度在理论上应该是完全相等的，但是总会有一些偏差
比如此图中，51bp是主要的，但是还是有少量的50和52bp的长度
当测序的长度不同时，如果很严重，则表明测序仪在此次测序不成功
统计序列完全一样的reads的频率。横坐标是plication的次数，纵坐标是plicated reads的数目
横坐标为reads位置，纵坐标为Adapter序列占比；如果fastqc默认参数会将所有的常见的Adapter都列出
正常情况是趋于0的直线，也就是说序列两端Adapter已经去除干净；如果有Adapter，需要先用cutadapt去接头
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❿ 生物信息软件
还有像treeView,RNA structure 3.5,MACAW等等