育种软件哪个好

1. GWAS与GS模型介绍与比较

最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。

GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？

GWAS模型的发展：

实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为基因与表型相关。计算量大。

首先计算基因和表型之间的相关性（如pearson），再经过r换算为t值，进行t检验。计算量小。

直接将基因型x和表型y做回归拟合，即y=xb+e。

其中y是表型，x是SNP、Q矩阵和总均值的一个综合变量，e是残差。

GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型无关的遗传差异也会影响到相关性。MLM模型可以把群体结构的影响设为协方差，把这种位点校正掉。此外，材料间的公共祖先关系也会导致非连锁相关，可加入亲缘关系矩阵作为随机效应来矫正，即y=Xb+Zu+e，Z为亲缘关系矩阵，u为个体育种值，其他同GLM。

GLM是固定效应模型。MLM除了固定效应，还加入了随机效应，即亲缘关系矩阵。所谓的固定效应是有限水平的，易控制的，关心的是水平上的影响；而随机效应有很多水平，关心的是水平背后的群体（如均值，方差等）。

有种只可意会，不可言传的感觉。我网络了下，认为它解释的还可以： 随机效应模型

MLM的矫正过于严格，会把一些真实相关的SNP标记也过滤掉，因此CMLM模型目的是重新检测到那些假阴性SNP标记。

方法是根据个体遗传关系的相似性将其分组，然后将压缩后的组当做协变量，替换原来的个体。组内个体的亲缘关系都是一样的。

问题来了，CMLM应该选择哪些SNP来计算亲缘关系矩阵，答案是使用所有跟表型相关的SNP（且排除了检测到的那个SNP）来构建亲缘关系矩阵的效果最好，这就是 SUPER (Settlement of Kinship Under Progressively Exclusive Relationship, 逐步排他性亲缘关系解决方案)。
QTN（数量性状SNP），即控制QTL的SNP。

GWAS的瓶颈一是计算速度，二是统计准确性。FarmCPU能提升速度和准确性，首先把随机效应的亲缘关系矩阵（Kinship）转换为固定效应的关联SNP矩阵（S矩阵/QTNs矩阵），使计算速度大大加快；其次利用QTN矩阵当做协变量，重新做关联分析，提升准确率。

SUPER和FarmCPU都是把bin（一段区域，比如10kb）当做SNP单位，而不是单个SNP。

Blink是进阶版GWAS，也是为提高速度和准确率。如下图所示：先用上方的GLM模型获得QTNs，然后用右侧的GLM以QTNs当做协变量进行SNP检测，得到的SNP根据LD信息确定QTNs的信息（根据染色体实际位置来选择对应的bin大小），进而利用左侧的GLM以BIC（Bayesian information criterion）策略进行QTNs准确性检测，排除假设错误的部分，保留真实的QTNs，不断循环这一过程，直到检测到所有关联SNP（即QTNs）。

模型总结：
这里是以张志武老师《统计基因组学》课程整理，所以重点介绍的是他们课题组开发的模型。

GWAS常用软件：

GS模型的发展：

当控制表型的基因数量比较少，同时遗传力比较高的性状，可以用少量标记对表型进行很好的预测。

利用个体亲缘关系构建协变量矩阵，然后根据个体育种值对表型进行预测。

如果把GBLUP中构建协变量的个体亲缘关系矩阵换成SNP标记构成的关系矩阵，构建模型，然后对个体进行预测，就是rrBLUP的思路。

也就是把模型y=Xb+Zu+e变为y=Xb+Ms+e：
其中M是SNP构建的矩阵（替换个体亲缘关系矩阵Z），s就是标记（替换个体u）。

rrBLUP假设所有标记效应符合一个正态分布，同时标记效应的方差（σ^2）相等，这可能与基因的实际效应值不相符。

这时引入了贝叶斯的分析方法：预期控制表型的基因数目未知，基因效应值的分布未知。根据预先假定基因的数量和基因效应值分布的不同，建立了不同的贝叶斯模型，如BayesianA,B,C,Cπ,LASSO等。

其差别主要在于：标记效应是否符合相同分布；是否所有标记都有效应值；标记效应方差服从什么分布。

不同贝叶斯模型的假设和分布可参考之前的推文： # 【GS文献】基因组选择技术在农业动物育种中的应用

用图形直观表示不同的贝叶斯方法，下图中π表示没有标记效应的比例。

岭回归的所有标记效应方差都相等；贝叶斯A是所有标记都有效应方差，但不同标记有不同的效应方差；贝叶斯B是部分标记有效应方差，同时具有差异；贝叶斯Cπ是部分标记效应有方差，同时所有方差都相等。

GS常用免费开源R包：

如果GWAS使用的是MLM模型及其进阶版，那么它和GS用的其实是同一模型。

只是GWAS的重点在挖掘显着性位点，关注固定效应Xb，加入随机效应只是为了控制与表型显着相关位点的假阳性；而GS重点在计算育种值，关注随机效应Zu，加入固定效应是为了控制不同个体相同的部分。

两种方法虽然模型一样，但应用方向不同，所以视为不同技术，实际上是一回事儿。我们可以将二者结合起来，比如先用GWAS找出显着位点，再加入GS的固定效应中，可能会使预测的准确性更高。或者是如果标记数目太多，我们不想过滤掉一些无关标记，就可以结合GWAS的结果来过滤。

在GS和GWAS的结合方面，也已经有了一些模型和算法，如SSGBLUP，GS + de novo GWAS，GS + historical GWAS等。

致谢：
感谢张志武老师提供的最新教程以及开发的工具，感谢知乎张帆的课程总结。教程PPT参考： ## Statistical Genomics: 2020

2. 信鸽能查指定的软件是什么

目前还没有指定的软件，很多软件都是根据不同的需求开创的，目前常见的软件有以下几种：

1、青鸽网app
青鸽网app是一个专业的信鸽信息交流平台，青鸽网app为大家提供最新的鸽类新闻资讯、鸽业动态等，青鸽网app是每个养鸽人必备的手机行业软件之一！软件介绍青鸽网app是青年信鸽信息网，专业赛鸽信息。
2、鸽派app
168信鸽比赛报道系统，以及多款赛鸽在线直播平台，拥有信鸽鸽王赛、赛鸽团体赛、赛鸽指定鸽赛。
3、爱鸽者app
爱鸽者客户端是由重庆爱鸽者智能科技有限公司自主研发的赛鸽管理移动端软件，围绕赛鸽“种、配、养、训、赛”等维度，为广大赛鸽爱好者提供爱鸽记录、血统管理、育种管理、训赛管理、赛线查询、鸽舍日记本、数据分析。
4、鸽羽林app
亚讯信鸽旗下的鸽羽林，是以每个鸽友为中心，立志成为信鸽养、训、赛的综合服务平台。目前，根据信鸽家训场景提供了训放平台，除提供便捷的信鸽实时飞行状态查看等基础功能外，还能查看已完成的历史训放数据和分析历。（源于网络资料）

3. 在种子的育种考种中，人工智能如何赋能考种测产托普云农种业APP是否可以检测植物表型及产后考种测产

随着科技的发展，人工智能在农业中的应用已经非常普遍，例如在农业的最前端的种子行业，利用人工智能的图像识别技术开发的种业智能APP就是托普云农研发的一款种子专业领域的实用工具，旨在提升人工数粒的效率与准确率，解放种业人才资源，激发产业活力。该APP利用图像识别技术，编写万能算法程序，能够支持玉米、水稻、小麦、大豆、草籽等各式粒型种子的自动数粒，只需要拍一张照片，即可在几秒内快速读取种粒数量，配和手动修正功能，准确率能达到100%，目前这款APP是免费下载使用，使用非常的方便快捷。

4. 免费领养宠物的软件有哪些啊那个好用有宠APP好用吗

1、有宠

应用介绍：宠物——您身边的宠物医生，最有趣的宠物社区，最体贴的宠物助手；傻傻的哈士奇，可爱的小泰迪，温暖的大金毛，都在这里可以找到。

特点：

－附近的宠物：快速定位附近的宠物，帮助你的宠物找到新朋友；，

－专家在线：知名宠物专家为您解答宠物医疗护理、宠物美容保养、宠物培训等问题；，

－宠物分享：分享美丽的宠物图片和视频；，

－宠物训练秘密、疾病自我检查、宠物体重测试、品种网络全书……饲养宠物所必需的；，

2、宠物时间

应用介绍：宠物时间是手机社交软件的宠物为主题，随着时间的推进，你总是可以找到你宠物的宠物和宠物主人，与此同时，您可以发布您自己的宠物信息或要求，如育种，如采用，寄养，信息或服务，使爱宠的人，学会分享宠物一起玩。

3、养养宠物

养宠物的应用是一个专注于宠物宠物采用社交软件，养宠物的应用让收养而不是买卖，有效解决流浪宠物的问题，整合周边服务，充分满足需求的提高宠物的日常需求，养宠物提供准确的社会应用程序更清晰的人群，破坏，救援，和其他功能，让你保持宠物生活得更轻松愉快。

4、领狗狗

关于应用：领狗狗是一个真正的宠物狗免费收养工具应用程序，该app拥有全面的宠物信息和众多的宠物相关服务，包括收养、驯狗、养狗、寻狗、美容等服务，中国最专业的宠物领养购买平台。

5、爱宠网领养

应用程序介绍：爱宠网络是基于后解决宠物的日常生活，为爱宠人圆，创建社区宠物生活乐趣分享电子商务平台，通过熟悉的朋友享受方便的购物网站低成本同时也让熟悉的朋友和熟悉的朋友爱宠生活变得更加丰富多彩，充满乐趣。

5. 养猪场管理软件

现在猪场管理软件是挺多的，说明养殖在进步，信息化技术在养殖业越来越重要，您有这样的提问，说明您是这个行业的引领者（领导者）；哪款比较好用，建议选择有实力的专业软件研发企业、操作简捷、实用简单、系统安全、全面高效、有价值的，框架比较成熟的、更新比较快的，更适合自己企业的、完全满足猪场管理需求的软件。具体要更具自己实际情况来选择；国内的软件大多是近几年在开始研发，不成熟、经验不足，缺乏实用经验，价格低廉（炒作多、没有价值），一般是从不使用----免费试用---不好用---不实用，最后丧失使用的信心；大多是增加工人的工作量，缺乏为企业增加实际经济价值的能力。如果您不是为了虚夸，而是想真正为企业创造更好的经济价值，建议选择法国ISAGRI公司的，有繁殖版、经济版、种猪版，这家企业是世界上最成熟的猪场管理软件研发企业，有30年的研发实用经验，有专业研发更新团队，没有试用版，全是实用版，真真正正通过管理提升养殖水平，为企业获得更好的经济价值。通过对母猪的管理可提高断奶仔猪数，提升母猪的繁殖性能；提高对种猪的管理可显着提高遗传进展，科学育种。通过对肥猪的管理可显着提升利润空间，用人的无限潜能开发猪的有限潜能。仅供参考，希望能给你带来帮助！

6. 育种软件能带给育种者什么

育种软件，可能大家不陌生了，但是跟很多育种工作者接触后，感觉还是很有必要说说这个话题，一来，大家对育种软件还是希望多了解一些的，二来，育种软件本身能够带给育种者的真的很多。 育种软件是统计软件吗？ 一育种软件不同于统计软件 有的用户一聊起育种软件，就会将其等同于统计软件，这是不对的。统计软件，象SAS、SPSS等，是以提供统计分析为主一类软件，如SPSS，英文全称为Statistical Proct and Service Solutions（统计产品与服务解决方案），其并不单独为育种服务。当然，育种软件需要提供生物统计的功能支持，以服务于育种的试验设计和数据分析。 二育种软件主要功能 1、对育种数据管理功能很多育种者对这一点没有感觉，最近几年，情况有所好转，逐渐开始认识到，育种数据的管理是重要的一件事情，至少是有必要的。我们提过一个理念“育种数据管理第一重要”，就是希望引起大家对这个问题的重视。育种数据管理是一项复杂的工作，育种年限长，多年多点多材料，人员变动，材料变动，都使育种数据管理成为一项很有挑战性的工作。没有育种数据管理，就没有育种数据积累，而科学的育种数据管理工具和手段是保证育种数据安全性，可重复利用的根本保证。育种工作需要淘汰材料，但是如果连育种数据也淘汰了，你的育种积累、育种基础在哪里呢？好的育种数据管理应该忠实保留育种第一手资料、原始资料。 2、对育种数据利用功能EXCEL对育种数据的利用是不方便的，多个文件方式，不能够自动建立材料间的联系。但仍然有那么多的人在使用EXCEL，我想操作的习惯依赖性可能是一个重要的原因，多年的数据都存储成EXCEL格式，对大数据量转移的安全性担心应该也是一个原因。但，不做出改变，育种数据的方便利用就无法实现，孰轻孰重，很明了。数据管理是基础，数据利用才有支撑。 3、对育种知识的承载应用功能育种软件可以固化承载育种思想，育种路线，育种标准，化无形为有形，变不好掌握为数据标准化。举个例子：田间数据采集，测株高，有人写成1.8（米），有人写成220（厘米），在多人工作的情况下，容易出现这样的“差错”。标准人为把握，人是会犯错误的。育种软件可以设立采集数据终端控制标准，如规定，株高的采集量纲统一为厘米。这就是一个“平台”，一个融合了特有育种思想、育种方法、试验要求的育种技术平台。培训、言传身教，通过育种软件、育种平台，保留下来、传承下去，这是财富。有一天，我们可以拥有自己的育种数据库4、对育种新技术新方法的传递利用我们知道，育种是要靠科学的，靠遗传学、数量遗传学、生物统计、生物信息学的。跟育种有关的学科很多，都可以为育种工作提供帮助。但是科学前沿的最新进展不少需要计算机的支持才能得以实现，把理论或者方法变成实实在在的应用有很长的路要走，电脑---编程----模型----数据，育种软件通过升级的方式，可以及时将新育种数据分析方法等实现为软件功能，提供给用户应用。育种软件对育种的支撑绝不是一个简单的软件，软件系统的背后有专业的统计学家、数学家、遗传学专业人士在支撑用户的育种工作。举个例子：分子标记尽管离一线育种，常规育种很远，但是依据分子标记可以很好的分析自交系间的亲缘关系，从而可以构建出准确的亲缘关系系数矩阵，为BLUP在玉米育种的杂交组合预测方面提供有力支持。 有的单位选择育种软件自我开发，我想给出一个忠告，不要把育种软件简单等同于一个MIS系统，那样会走到死胡同里去的。 三信息技术对育种的支撑这是一个很冠冕堂皇的说法，但我想谈些实实在在的应用。育种者都会寄希望于采用育种软件可以减轻育种工作强度，别象以前那么累了，这是完全可以实现的，至少会好很多。 信息技术之：条码扫描技术在育种工作中采用条码扫描技术，将手写牌变为条码打印机打印条码，好处就很多。好处有：1、保密性增强了。这是国内育种不怎么考虑的问题，商业化育种如果不考虑保密性设计，那你趁早别做了。2、差错率降低了。条码识别，避免了手写牌的出错或者模糊问题。3、育种流程可以调整的更科学了。手写牌这个环节可以省掉了，后期数据采集，直接扫描条码，省去了人为查找的环节。 再举个例子，不少用户跟我讨论，能不能想办法将株高测量变得容易，让测株高更简单。为这个事情我们特意做了调研，有2点结论供参考a 是有很多电子仪器设备可以用于测量株高，比如，手持激光测距设备，还有带传感器的测距仪，不宜采用，原因是，手持激光测距设备使用方便，但需要设置反射板，带传感器的测距仪等设备需要电源支持，这些都不适合田间株高测量。b某国际种业巨头也是采用直尺进行株高测量。所以，田间株高测量不能靠工具来改善了。 提供一个可行方案，我们的一个用户发明了这样的方法：事先打印若干个条码标签，如玉米，180,185,190,195,200,205,210等，将条码签贴在卡尺上，位置大概跟手握处持平，田间测株高时，先扫行号，然后用卡尺量株高，目测高度估出数值后，如：株高200，扫200那个条形码。速度奇快，一个人测株高，效率极高。抛砖引玉，类似的办法，肯定不少。 信息技术之：移动采集设备移动采集设备就是一个微电脑，一个电子记载本，田间采集数据直接记录在移动采集设备上，省去了田间先记录在记载本上，回室内二次录入整理的环节。差错率自然降低了。<proinsight-br>

7. 猪场管理软件哪个好

客观的看，这个应该要看你厂子里的规模（母猪的头数），如果母猪不多，其实用Excel表就完全可以，用不着再去找软件。如果母猪再多一些，可以考虑上一款生产上的软件，500头母猪以下的个人感觉只用一款管理生产的软件就完全OK，其他的像物料管理，进销存啊这些完全没有必要，生产才是王道，才是基础，有猪，才有一切，这个时候猪场的一切都应该围绕着怎么提高主场生产力转，一切为“如何提高在单位时间成本、单位金钱成本下生出更多的猪肉”这个目标服务，所以这个时候需要什么软件就很显然了，你只需要找一款专门管理生产上的软件就OK，比如这款（利益相关—爱思农银合）网页链接

爱思农银合--农户通

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文章一气呵成，如果有错别字其他问题多多包涵

写完之后总觉得意犹未尽，词不足意，

如果还有其他问题接着提问就好

或者我们找机会泡杯茶，好好聊一聊

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8. 双阴猪和单阴猪是什么意思

1 关于基因
根据刊登在《自然》杂志上的研究发现，猪拥有与人类相同的与很多人类疾病有关的基因和蛋白质变异，例如阿尔茨海默病、帕金森氏症以及肥胖症。研究人员指出，通过进一步研究，猪的基因可以孕育出新疗法，对抗这些疾病。

通过对猪基因组研究，科学家发现猪拥有很强的适应能力，容易被食物诱惑和驯化，这些特征都与人类非常相似。

2 历史起源
猪的起源最长可追溯到四千万年，有迹象证明家猪可能来自欧洲和亚洲，在被人们发现的化石中证明有像野猪一样的动物穿梭于森林和沼泽中等。

野猪 （图片皆来源网络，侵删）
中国养猪的历史可以追溯到新石器时代早、中期。我国迄今发现的最早家猪，一般认为是距今约8000年的河北省武安县磁山遗址.。先秦时期 据殷墟出土的甲骨文记载，商、周时代已有猪的舍饲。而后随着生产的发展，逐渐产生了对不同的猪加以区分的要求，商、周时代养猪技术上的一大创造是发明了阉猪技术。

3 繁殖性能
猪的繁殖性能非常强悍，不同品种繁殖性能差异略有不同，太湖猪以繁殖性能高着称于世，是全世界已知猪品种中产仔数最高的一个品种。有记载显示，太湖猪最多一次产子数达到42头。

太湖猪
4 关于品种
我国有十大土猪品种：1、互助八眉猪；2、荣昌猪；3、宁乡猪；4、陆川猪；5、淮猪；

6、太湖猪；7、金华两头乌猪；8、东北名猪；9、香猪；10、藏猪。

此外，目前规模化养殖育肥猪常见的还是以长白猪、大白猪、杜洛克猪杂交而选育的外三元为主，外三元，外三元顾名思义都来源国外，杂交组合其后代抗逆性强，具有十分明显的杂种优势（抗病性能、繁殖性能、育肥性能等），因此市场多以外三元为主。

外三元猪
5 关于寿命
由于不同的猪体质不同，而且有所分类，寿命也就参差不齐，但依照科学的数据，正常的猪平均寿命大概是在二十年左右，最长纪录达50年之久。

6 关于嗅觉
猪科动物有极其发达的嗅觉，灵敏程度是狗的2~3倍，有的猪甚至能用鼻子嗅出埋在土里的地雷。 猪在6米远的地方，就能嗅到长在25～30厘米深的地底下的黑松露菌（一种昂贵的植物）。猪类的嗅觉很灵敏，部分国家海关、机场会用经过训练的缉毒猪来搜查毒品以及违禁品。

7 关于智商
猪科动物的平均智商在70到85之间，相当于3至5岁的幼儿。它们更多的表现出大智若愚的样子。别人说你笨猪时，你要好好考虑下有没有夸你的意思。

8 关于存栏
我国生猪养殖量占世界生猪总养殖量56.6%，我国生猪养殖在全世界的地位十分重要（也就是说，我国一旦缺猪，全世界猪价都会上涨）。猪肉在中国国内肉类产量和消费量占比均超过百分之六十。2017年中国生猪饲养产值接近1.3万亿，占国内畜禽（猪牛羊禽）饲养总产值比重约56.6%，生猪产业体量巨大。

9 关于消费
我国是猪肉消费大国，猪肉菜及各类猪肉制品更是中国人春节餐桌上必不可少的美食。虽然我国消费总量已从2014年最高峰时的5719万吨下降到去年的5489万吨，但仍然稳占全球一半份额——也就是说，中国人口虽然只是世界五分之一，但每两斤猪肉里就有一斤是被中国人吃掉的。人均每年猪肉消费量达到40公斤（

9. 常见的育种设备有哪些

1.育种小区远程监控系统
育种小区远程监控系统具有视频监控、环境监测、无线覆盖等功能，主要用于获取育种基地的气象信息，远程查看基地作物生长情况，育种家可在任意地点通过浏览器查看视频及气象数据。
2.种子标准样品库管理软件
种子标准样品库管理软件主要用于小麦、玉米、水稻等作物种质及中间材料等育种资源的信息化管理。通过条形码或电子标签为每一份种子建立唯一标识，实现育种资源的动态出入库管理与预警提醒、远程查询检索，促进育种资源的妥善保管。
3.大米外观品质检测系统
大米外观品质检测系统又称大米外观品质检测仪、稻米品质分析仪、米质判定仪。大米外观品质检测系统可自动分析评价各类大米（籼米、粳米、糯米、丝苗米，特种米、有机米等），是一款通过扫描仪获得大米图像后实现稻谷、大米外观品质指标自动检测的专业仪器。
4.考种系统
考种系统可以测量水稻、小麦、油菜、大豆等作物种子，采用高精度称重传感器及高分辨率摄像头拍摄被测种子图像，在获取种子重量的同时，计算出被测种子的粒数，根据被测种子粒数和重量，可快速获取种子的千粒重、平均长、宽等信息。
5.作物叶片形态测量仪
作物叶片形态测量仪采用机器视觉技术，利用手机高清摄像头获取作物叶片图像，现场进行图像处理，获取叶片的形态参数。一次测定，可同时获得叶片面积、长度、宽度、病斑面积等多项参数，叶片测量可以在离体或活体情况下测量，测量数据可通过无线传输至服务器。
6.便携式玉米株高测量仪
便携式玉米株高测量仪基于机器视觉技术，利用摄像头获取玉米株高测量尺图像，通过算法现场分析，实时获取玉米株高数据。测量不受天气、光照等条件的影响，方便田间测量使用；32G存储容量，可同时存储数据和刻度图像；最高测量高达3m，满足大部分玉米株高测量需求。

10. 生财番茄采集软件

番茄采集是一款拼多多店群无货源用的采集软件，有关键词采集、链接采集、同行采集、全网数据、类目热词、热词搜索等功能，不需要买手号和66代理就可以用，是一款不错的采集软件更多详情可网络参考一下。