Ⅰ MicroRNA靶基因的预测软件有哪些
采用的算法不同，第一代预测软件大多都是从种子互补这一规则出发设计算法，其次是考虑到miRNA靶基因跨物种间保守性；而第二代预测软件更倾向于机器学习方法训练参数进行靶基因预测。现在多采用第二代target预测方法。
Ⅱ 求助，哪些软件可以预测转录因子靶基因
最近开始做实验，我研究的是两个目的蛋白A和B，初步估计两者在组织中表达是呈相反的趋势，即A的表达为上调，而B的表达是降低，那么我想研究两者的是否具有相互作用，我可否先通过一些生物信息学软件（主要现在要开题了，来不及做实验，怕被批说立论依据不足）来预测B就是A的靶基因，以及潜在的可能的作用位点，然后可以进一步通过实验来证实（我所知道的只有染色质免疫共沉淀，还有哪些方法呢？）我看关于mirna的就有很多生物信息学软件可以来预测下游靶基因，如果不是mirna，两个都是转录因子的话，有哪些软件可以用呢？
谢谢大家！
Ⅲ 谁用过Augustus基因预测软件
Augustus的安装和使用参数
AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences.
1. Augustus的安装
Augustus下载：bioinfuni-greifswaldde/augustus/binaries/
$ wget bioinfuni-greifswaldde/augustus/binaries/augustus.2.7.tar.gz
$ tar zxf augustus.2.7.tar.gz
$ cd augustus.2.7
$ cd src
$ make -j 8
$ export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=$PWD/../config/ (可以加入到.bashrc中）
2. Augustus使用方法
2.1 基因预测例子
$ augustus --strand=both --genemode=partial --singlestrand=false --hintsfile=hints.gff --extrinsicCfgFile=extrinsic.cfg --protein=on --introns=on --start=on --stop=on --cds=on --codingseq=on --alternatives-from-evidence=true --gff3=on --UTR=on ----outfile=out.gff --species=human genome.fa
$ augustus --noprediction=true --species=SPECIES sequences.gb
2.2 Augustus使用参数
Usage:
augustus [parameters] --sepcies=SPECIES queryfilename
重要参数：
--strand=both, --strand=forward or --strand=backward report predicted genes on both strands, just the forward or just the backward strand.default is 'both'
--genemodel=partial, --genemodel=intronless, --genemodel=complete,
--genemodel=atleastone or --genemodel=exactlyone partial : allow prediction of incomplete genes at the sequence boundaries (default) intronless : only predict single-exon genes成都网络整合运营推广http://www.yingtaow.com/wltg?like in prokaryotes and some eukaryotes
complete : only predict complete genes atleastone : predict at least one complete gene exactlyone : predict exactly one complete gene
--singlestrand=true predict genes independently on each strand, allow overlapping genes on opposite strands. This option is turned off by default.
--hintsfile=hintsfilename When this option is used the prediction considering hints (ex trinsic information) is turned on. hintsfilename contains the hints in gff format.
--extrinsicCfgFile=cfgfilename Optional. This file contains the list of used sources for the hints and their boni and mali. If not specified the file "extrin sic.cfg" in the config directory $AUGUSTUS_CONFIG_PATH is used.
--maxDNAPieceSize=n This value specifies the maximal length of the pieces that the sequence is cut into for the core algorithm (Viterbi) to be run. Default is --maxDNAPieceSize=200000.
AUGUSTUS tries to place the boundaries of these pieces in the intergenic region, which is inferred by a preliminary prediction. GC-content dependent parameters are chosen for each piece of DNA
if /Constant/decomp_num_steps > 1 for that species. This is why this value should not be set very large, even if you have plenty of memory.
--protein=on/off
--introns=on/off
--start=on/off
--stop=on/off
--cds=on/off
--codingseq=on/off Output options. Output predicted protein sequence, introns, start codons, stop codons. Or use 'cds' in addition to 'initial', 'internal', 'terminal' and 'single' exon.
The CDS excludes the stop codon (unless stopCodonExcludedFromCDS=false) whereas the terminal and single exon include the stop codon.
--AUGUSTUS_CONFIG_PATH=path path to config directory (if not specified as environment var iable)
--alternatives-from-evidence=true/false report alternative transcripts when they are suggested by hints
--alternatives-from-sampling=true/false report alternative transcripts generated through probabilistic sampling
--sample=n --minexonintronprob=p --minmeanexonintronprob=p --maxtracks=n --proteinprofile=filename Read a protein profile from file filename. See section 7 below.
--predictionStart=A, --predictionEnd=B A and B define the range of the sequence for which predictions should be found. Quicker if you need predictions only for a small part.
--gff3=on/off output in gff3 format.
--UTR=on/off predict the untranslated regions in addition to the coding sequence. This currently works only for human, galdieria, toxopl asma and caenorhabditis.
--outfile=filename print output to filename instead to standard output. This is useful for computing environments, e.g. parasol jobs, which do not allow shell redirection.
--noInFrameStop=true/false Don't report transcripts with in-frame stop codons. Otherwise, intron-spanning stop codons could occur. Default: false
--noprediction=true/false
If true and input is in genbank format, no prediction is made.
Useful for getting the annotated protein sequences. Augustus也可以以 genebank格式文件为输入文件，进行基因预测，并将预测结果和genebank的结果进行比较后 得出一个精确性的统计结果。
当然，由于genebank格式文件中有些sequences没有cds的注释结果，因此可以使用该 参数进行检测，从而得到没有cds的序列号，在人为去去除这些没有cds注释的序列，再去进行 预测准确性的评估。
--contentmodels=on/off If 'off' the content models are disabled (all emissions unif ormly 1/4). The content models are; coding region Markov chain (emiprobs),
initial k-mers in coding region (Pls), intron and int ergenic regin Markov chain. This option is intended for special applications that require judging gene structures from the signal models only,
e.g. for predicting the effect of SNPs or mutations on splicing. For all typical gene predictions, this should be true. Default: on
--paramlist For a complete list of parameters, type "augustus --paramlist"
Ⅳ 有谁知道预测基因甲基化应该用什么软件
http://www.51qe.cn/pic/55/13/11/006.htm
http://www.hyper.com/
http://www.buygood.net/soft/Catalog35/34671.html
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http://www.51qe.cn/pic/55/13/11/006.htm
http://class.ibucm.com/zyhuaxue/5/con5_5213.htm http://www.51qe.cn/pic/55/13/11/006.htm
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Ⅳ 基因组分析软件
楼主的基因组序列是真核还是原核的？真核和原核的分析软件不一样：
glimmer 预测系统先用 build-icm 程序对该物种已知的基因序列生成一个马尔可夫模型参数集合，glimmer2 再应用这个参数集对 DNA 序列进行基因预测。此软件适合对原核生物进行预测；http://www.cbcb.umd.e/software/glimmer/glimmer302.tar.gz
GlimmerM 是 TIGR 开发的用于真核生物基因预测的软件。该 软 件 包 可 以 从 TIGR 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
ftp://ftp.tigr.org/pub/software/GlimmerM/
GenScan 是由美国麻省理工大学的 Burge 和 Karlin 于 1997 年开发的，基于广义隐马尔可夫模型的人类及脊椎动物基因预测软件。它不依赖于已有的蛋白库，是一种"从头预测"的软件。目前还开发了适用于果蝇、拟南芥和玉米的专用版本，对于其他物种可以先采用相近的物种版本来预测。 总体来说，对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子，外显子的准确性高于 polyA 或启动子。该 软 件 的 可 执 行 版 本 可 以 从 Burge 实 验 室 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
http://genes.mit.e/GENSCAN.html
还有很多我就不一一列举了，要熟练使用这些软件，要需要多多训练，祝好
Ⅵ 深度测序的主要软件有哪些华大基因测序的结果一般要怎么处理
主要有两类，一类是基于overlap graph的组装软件，有CABOG、ARACHNE、RePS、phrap及newbler等； 另一类是基于de bruijn graph的组装软件，有SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等。
说的华大基因测序的主要分析方法要看您做什么了。。。高通量测序现在国内做的人多了去了，如果被人店大欺客的话，可以找我们
Ⅶ 基因预测还有哪些软件,各有什么有特点
4 种真核生物基因预测软件: Genscan,HMMgene,Fgenesh,Twinscan 3 种原核生物基因预测软件 ： Genemark，Glimmer，fgenes。
Ⅷ 生物信息学常用的软件有哪些
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019